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- PDB-4i4y: BEL beta-trefoil complex with T-Antigen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i4y
タイトルBEL beta-trefoil complex with T-Antigen
要素BEL beta-trefoil
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / fruiting bodies
機能・相同性Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta / Thomsen-Friedenreich antigen / SERINE / BEL-beta trefoil
機能・相同性情報
生物種Boletus edulis (ヤマドリタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bovi, M. / Cenci, L. / Perduca, M. / Capaldi, S. / Carrizo, M.E. / Civiero, L. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2013
タイトル: BEL {beta}-trefoil: A novel lectin with antineoplastic properties in king bolete (Boletus edulis) mushrooms.
著者: Bovi, M. / Cenci, L. / Perduca, M. / Capaldi, S. / Carrizo, M.E. / Civiero, L. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L.
履歴
登録2012年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BEL beta-trefoil
B: BEL beta-trefoil
C: BEL beta-trefoil
D: BEL beta-trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,93817
ポリマ－66,8864
非ポリマー3,05313
水6,882382
1
A: BEL beta-trefoil
B: BEL beta-trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0309
ポリマ－33,4432
非ポリマー1,5877
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: BEL beta-trefoil
D: BEL beta-trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9088
ポリマ－33,4432
非ポリマー1,4656
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: BEL beta-trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8442
ポリマ－16,7211
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: BEL beta-trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1877
ポリマ－16,7211
非ポリマー1,4656
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: BEL beta-trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2103
ポリマ－16,7211
非ポリマー4882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: BEL beta-trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6985
ポリマ－16,7211
非ポリマー9774
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.390, 70.110, 71.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
BEL beta-trefoil


分子量: 16721.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Boletus edulis (ヤマドリタケ) / 参照: UniProt: R4GRU5*PLUS
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Thomsen-Friedenreich antigen


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: Thomsen-Friedenreich antigen
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAca1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride, 25% PEG4000, 0.2 M 1-butyl-3-methylimidazolium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月25日
放射モノクロメーター: Diamond(001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 48087 / Num. obs: 48087 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.35 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4I4P

4i4p


解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 6.336 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22541 2421 5 %RANDOM
Rwork0.19065 ---
all0.1924 45649 --
obs0.1924 45649 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.595 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.23 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4756 0 200 382 5338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.025140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1481.9717027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3695592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.05623.673275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.59815702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6951537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214097
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 184 -
Rwork0.249 3209 -
obs--95.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0398-0.1112-0.10160.74790.12760.7965-0.0022-0.02880.0067-0.02630.0191-0.06320.02040.0069-0.01690.0481-0.0038-0.00950.0041-0.01080.045317.6629-1.357215.2378
21.01310.0394-0.05390.83840.04070.7147-0.0062-0.0032-0.00160.0276-0.00560.08140.0075-0.0340.01170.04440.00030.0010.0164-0.01020.0354-12.02761.802417.9912
30.8617-0.1369-0.23590.8418-0.0360.867-0.00730.03220.01710.01860.02330.0348-0.0124-0.0571-0.01610.05460.0066-0.00650.0174-0.00050.0205-6.125535.795818.4303
41.4934-0.0388-0.12690.8234-0.04770.90920.0011-0.00380.0057-0.0537-0.0133-0.06190.00740.07430.01220.02970.00850.00440.0132-0.00240.039623.563232.248719.9371
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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