PDB-4i4o: BEL beta-trefoil apo crystal form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i4o

タイトル

BEL beta-trefoil apo crystal form 1

要素

BEL beta-trefoil

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / galactose / fruiting bodies

機能・相同性

Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta / BEL-beta trefoil

機能・相同性情報

生物種

Boletus edulis (ヤマドリタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.12 Å

データ登録者

Bovi, M. / Cenci, L. / Perduca, M. / Capaldi, S. / Carrizo, M.E. / Civiero, L. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2013
タイトル: BEL {beta}-trefoil: A novel lectin with antineoplastic properties in king bolete (Boletus edulis) mushrooms.
著者: Bovi, M. / Cenci, L. / Perduca, M. / Capaldi, S. / Carrizo, M.E. / Civiero, L. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L.

履歴

登録	2012年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i4o.cif.gz	144 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i4o.ent.gz	113.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i4o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i4o_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i4o_full_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示
XML形式データ	4i4o_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	4i4o_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i4pSC 4i4qC 4i4rC 4i4sC 4i4uC 4i4vC 4i4xC 4i4yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i4u-2 4i4y-1 4i4v-1 4qrm-2 4qrm-11 4qrm-8 4mmm-6 2nyj-d 4qrm-5 4qrm-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BEL beta-trefoil

B: BEL beta-trefoil

ヘテロ分子

34.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: BEL beta-trefoil

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: BEL beta-trefoil

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.530, 66.830, 63.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	BEL beta-trefoil 分子量: 16721.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Boletus edulis (ヤマドリタケ) / 参照: UniProt: R4GRU5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 1.5 M ammonium sulfate, 10% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月25日
放射	モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.12→63.6 Å / Num. all: 110718 / Num. obs: 103662 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 6.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.12→1.18 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 81.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4I4P

4i4p

解像度: 1.12→29.579 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1597	5191	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1509	-	-	-
obs	0.1513	103652	93.62 %	-
all	-	103696	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.401 Å² / k_sol: 0.408 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0006 Å²	-0 Å²	0.0184 Å²
2-	-	-0.011 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.0116 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.12→29.579 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2378	0	65	380	2823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.146	3433
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.811	907
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	345
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.12-1.1327	0.1673	111	0.1613	2418	X-RAY DIFFRACTION	69
1.1327-1.1461	0.1571	130	0.151	2719	X-RAY DIFFRACTION	77
1.1461-1.16	0.1436	160	0.146	2927	X-RAY DIFFRACTION	84
1.16-1.1747	0.1539	186	0.1417	3120	X-RAY DIFFRACTION	90
1.1747-1.1902	0.1577	164	0.1414	3336	X-RAY DIFFRACTION	95
1.1902-1.2065	0.1434	199	0.1442	3285	X-RAY DIFFRACTION	95
1.2065-1.2237	0.16	164	0.1394	3330	X-RAY DIFFRACTION	95
1.2237-1.242	0.1524	192	0.1413	3285	X-RAY DIFFRACTION	95
1.242-1.2614	0.1607	191	0.1419	3302	X-RAY DIFFRACTION	94
1.2614-1.2821	0.1824	180	0.1427	3179	X-RAY DIFFRACTION	91
1.2821-1.3042	0.1443	170	0.1416	3247	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3042-1.3279	0.1593	187	0.1402	3384	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3279-1.3534	0.1571	185	0.1453	3309	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3534-1.3811	0.1551	161	0.1435	3409	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3811-1.4111	0.1472	205	0.1397	3283	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4111-1.4439	0.139	157	0.1394	3361	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4439-1.48	0.1576	167	0.138	3241	X-RAY DIFFRACTION	93
1.48-1.5201	0.1379	172	0.1342	3381	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5201-1.5648	0.1402	165	0.1264	3399	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5648-1.6153	0.1476	181	0.1302	3365	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6153-1.673	0.1348	180	0.1356	3439	X-RAY DIFFRACTION	98
1.673-1.74	0.1595	155	0.1414	3415	X-RAY DIFFRACTION	96
1.74-1.8192	0.1507	198	0.1449	3253	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8192-1.9151	0.1534	180	0.1444	3432	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9151-2.035	0.1716	158	0.1543	3465	X-RAY DIFFRACTION	98
2.035-2.1921	0.1549	160	0.1544	3481	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1921-2.4126	0.1693	171	0.1579	3440	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4126-2.7615	0.1608	186	0.1708	3338	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7615-3.4783	0.1883	182	0.1693	3476	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4783-29.5889	0.1626	194	0.1596	3442	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.2216 Å / Origin y: 5.767 Å / Origin z: 19.099 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0262 Å²	-0.0013 Å²	0.0009 Å²	-	0.0259 Å²	0.0033 Å²	-	-	0.0424 Å²
L	0.2398 °²	-0.008 °²	-0.0323 °²	-	0.2532 °²	0.2294 °²	-	-	0.828 °²
S	-0.0045 Å °	-0.0153 Å °	-0.0043 Å °	-0.0008 Å °	0.012 Å °	0.0057 Å °	0.0147 Å °	0.0193 Å °	0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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