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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i42 | ||||||
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タイトル | E.coli. 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme A synthase (ecMenB) in complex with 1-hydroxy-2-naphthoyl-CoA | ||||||
要素 | 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase | ||||||
キーワード | LYASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / bicarbonate binding / menaquinone biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.848 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, Y. / Song, H. / Li, J. / Li, Y. / Jiang, M. / Zhou, J. / Guo, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Structural basis of the induced-fit mechanism of 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme A synthase from the crotonase fold superfamily 著者: Sun, Y. / Song, H. / Li, J. / Li, Y. / Jiang, M. / Zhou, J. / Guo, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4i42.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4i42.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4i42.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i42 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL
#1: タンパク質 | 分子量: 31671.105 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b2262, JW2257, menB / プラスミド: petM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 参照: UniProt: P0ABU0, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase |
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-非ポリマー , 9種, 2578分子
#2: 化合物 | ChemComp-1HA / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-BCT / #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 化合物 | ChemComp-PEG / #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 200mM (NH4)2SO4, 23% PEG 3350, 100mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.93 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月15日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.848→44.9 Å / Num. all: 287498 / Num. obs: 286348 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ELX 解像度: 1.848→44.872 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.848→44.872 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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