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- PDB-4i3x: Structure of phosphonoacetaldehyde dehydrogenase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i3x
タイトルStructure of phosphonoacetaldehyde dehydrogenase in complex with phosphonoacetate and cofactor NAD+
要素Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldehyde dehydrogenase / phosphonate catabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Putative phosphonoacetaldehyde dehydrogenase / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Putative phosphonoacetaldehyde dehydrogenase / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHONOACETIC ACID / Phosphonoacetaldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Nair, S.K. / Agarwal, V.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure and function of phosphonoacetaldehyde dehydrogenase: the missing link in phosphonoacetate formation.
著者: Agarwal, V. / Peck, S.C. / Chen, J.H. / Borisova, S.A. / Chekan, J.R. / van der Donk, W.A. / Nair, S.K.
履歴
登録2012年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
B: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
C: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
D: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
E: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
F: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
G: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
H: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)432,47524
ポリマ－426,0478
非ポリマー6,42816
水51,7572873
1
A: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
B: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1196
ポリマ－106,5122
非ポリマー1,6074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area32210 Å2
手法PISA
2
C: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子

E: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1196
ポリマ－106,5122
非ポリマー1,6074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area32140 Å2
手法PISA
3
D: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
H: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1196
ポリマ－106,5122
非ポリマー1,6074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area32300 Å2
手法PISA
4
F: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子

G: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1196
ポリマ－106,5122
非ポリマー1,6074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area31930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.162, 172.765, 142.596
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase (NAD+)


分子量: 53255.922 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: phnY, RB0979, SM_b21539 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q92UV7, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PAE / PHOSPHONOACETIC ACID / ホスホノ酢酸


分子量: 140.032 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5O5P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2873 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→136.16 Å / Num. obs: 250280 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.164 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.07-2.114.70.56599210.902174.9
2.11-2.145.10.546105800.901179.8
2.14-2.195.60.491110420.9183.3
2.19-2.2360.457113910.904185.9
2.23-2.286.30.404117750.894188.6
2.28-2.336.40.367121630.894191.5
2.33-2.396.60.331124980.894194.2
2.39-2.456.70.299128130.899196.5
2.45-2.536.90.266129200.888197.5
2.53-2.6170.218129940.925197.9
2.61-2.77.10.185131360.943198.5
2.7-2.817.10.154130950.964198.6
2.81-2.947.30.13131371.039198.8
2.94-3.097.30.114131971.122199
3.09-3.297.40.095132191.316199.2
3.29-3.547.50.074132071.503199.3
3.54-3.97.60.059132471.589199.5
3.9-4.467.70.049133001.672199.6
4.46-5.627.70.044133631.603199.7
5.62-507.50.04132821.683198.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.388 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2168 12509 5 %RANDOM
Rwork0.1616 ---
obs0.1643 250226 93.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.22 Å2 / Biso mean: 27.3974 Å2 / Biso min: 4.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20.03 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29163 0 416 2873 32452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01930187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0661.99141131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.70653795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.10823.4831246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.763154966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.58215246
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.24767
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02122650
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.125 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 715 -
Rwork0.267 14013 -
all-14728 -
obs--75.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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