PDB-4i3u: Structure of phosphonoacetaldehyde dehydrogenase in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i3u

タイトル

Structure of phosphonoacetaldehyde dehydrogenase in complex with phosphonoacetaldehyde

要素

Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aldehyde dehydrogenase / Phosphonate catabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nair, S.K. / Agarwal, V.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure and function of phosphonoacetaldehyde dehydrogenase: the missing link in phosphonoacetate formation.
著者: Agarwal, V. / Peck, S.C. / Chen, J.H. / Borisova, S.A. / Chekan, J.R. / van der Donk, W.A. / Nair, S.K.

履歴

登録	2012年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i3u.cif.gz	745.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i3u.ent.gz	613.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i3u_validation.pdf.gz	529.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i3u_full_validation.pdf.gz	645.1 KB	表示
XML形式データ	4i3u_validation.xml.gz	188.2 KB	表示
CIF形式データ	4i3u_validation.cif.gz	243.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/4i3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/4i3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i3tC 4i3vC 4i3wC 4i3xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i3t-3 4i3t-1 4i3v-2 4i3x-4 4i3x-1 4i3w-3 4i3x-2 4i3w-2 4i3t-4 4i3x-3 4i3t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

B: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

C: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

D: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

E: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

F: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

G: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

H: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

ヘテロ分子

427 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

D: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

ヘテロ分子

G: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

ヘテロ分子

E: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

H: Aldehyde dehydrogenase (NAD+)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.350, 172.880, 138.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 12:214 OR RESSEQ 216:270 OR RESSEQ 272:484 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 12:214 OR RESSEQ 216:270 OR RESSEQ 272:484 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 12:214 OR RESSEQ 216:270 OR RESSEQ 272:484 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 12:214 OR RESSEQ 216:270 OR RESSEQ 272:484 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 12:214 OR RESSEQ 216:270 OR RESSEQ 272:484 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 12:214 OR RESSEQ 216:270 OR RESSEQ 272:484 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 12:214 OR RESSEQ 216:270 OR RESSEQ 272:484 )
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 12:214 OR RESSEQ 216:270 OR RESSEQ 272:484 )

#1: タンパク質	Aldehyde dehydrogenase (NAD+) 分子量: 53255.922 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: phnY, RB0979, SM_b21539 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q92UV7, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物	ChemComp-POA / PHOSPHONOACETALDEHYDE / ホスホノアセトアルデヒド分子量: 124.032 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅O₄P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1916 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→39.111 Å / Num. obs: 236736 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.36

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.2	0.536	1.64	1	90.3
2.2-2.3	0.428	2.21	1	94.8
2.3-2.5	0.352	2.94	1	97.4
2.5-2.8	0.224	4.97	1	98.8
2.8-3.1	0.149	7.76	1	98.8
3.1-3.5	0.089	12.54	1	98.3
3.5-4.8	0.045	22.44	1	97.3
4.8-5.5	0.036	25.96	1	97
5.5-7	0.035	25.4	1	96.7
7-50	0.021	36.86	1	94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.1_743	精密化
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→39.111 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2525	11836	5 %
R_work	0.2096	-	-
obs	0.2118	236727	96.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.871 Å² / k_sol: 0.361 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0818 Å²	0 Å²	0.0163 Å²
2-	-	0.0949 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.1767 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.111 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29008	0	56	1916	30980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	29638
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.567	40314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.837	11014
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	4680
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	5246

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3613	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3613	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.113
1	3	C	3613	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.143
1	4	D	3613	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.13
1	5	E	3613	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.136
1	6	F	3613	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.108
1	7	G	3613	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.127
1	8	H	3613	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.132

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.3475	358	0.3194	6804	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1239-2.1488	0.3472	365	0.3097	6932	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1488-2.175	0.3265	375	0.2936	7130	X-RAY DIFFRACTION	91
2.175-2.2026	0.3433	374	0.2901	7107	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2026-2.2316	0.3194	384	0.2823	7295	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2316-2.2621	0.3183	387	0.2676	7349	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2621-2.2944	0.2909	388	0.2633	7367	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2944-2.3287	0.3288	393	0.2676	7483	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3287-2.3651	0.3102	396	0.2521	7518	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3651-2.4038	0.3154	395	0.2458	7511	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4038-2.4453	0.3076	401	0.2443	7615	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4453-2.4897	0.2794	398	0.233	7561	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4897-2.5376	0.2978	404	0.2343	7668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5376-2.5894	0.281	402	0.2263	7642	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5894-2.6457	0.2873	403	0.2188	7655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6457-2.7072	0.2925	404	0.2211	7676	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7072-2.7749	0.2812	404	0.2113	7677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7749-2.8499	0.265	402	0.2018	7632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8499-2.9338	0.2749	404	0.2089	7680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9338-3.0284	0.2683	406	0.209	7726	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0284-3.1366	0.258	402	0.2137	7629	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1366-3.2621	0.2552	402	0.2056	7646	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2621-3.4105	0.2258	402	0.1892	7642	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4105-3.5902	0.2402	400	0.1873	7584	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5902-3.815	0.2326	398	0.1835	7568	X-RAY DIFFRACTION	98
3.815-4.1092	0.1895	400	0.1661	7606	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1092-4.5222	0.1789	398	0.1538	7553	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5222-5.1753	0.1854	398	0.1596	7574	X-RAY DIFFRACTION	97
5.1753-6.5155	0.2243	398	0.2002	7554	X-RAY DIFFRACTION	97
6.5155-39.118	0.1879	395	0.1749	7507	X-RAY DIFFRACTION	95

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関連情報:EMDBヘッダ

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