PDB-4i3b: Crystal structure of fluorescent protein UnaG wild type

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i3b

タイトル

Crystal structure of fluorescent protein UnaG wild type

要素

Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Bilirubin binding protein / Lipocalin / Beta barrel / Fatty acid binding protein-like / Cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid transport / bioluminescence / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Anguilla japonica (ウナギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.199 Å

データ登録者

Kumagai, A. / Ando, R. / Miyatake, H. / Miyawaki, A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: A bilirubin-inducible fluorescent protein from eel muscle
著者: Kumagai, A. / Ando, R. / Miyatake, H. / Greimel, P. / Kobayashi, T. / Hirabayashi, Y. / Shimogori, T. / Miyawaki, A.

履歴

登録	2012年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月31日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i3b.cif.gz	595.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i3b.ent.gz	504.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i3b_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i3b_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	4i3b_validation.xml.gz	68.6 KB	表示
CIF形式データ	4i3b_validation.cif.gz	99.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/4i3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/4i3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i3cC 4i3dC 1fdqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7bf6-3 3q7p-2 4ilz-3 3bl2-1 5b3k-d 7cdb-2 2m6r-d 4hsx-1 7jx2-d 6rzj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

B: Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

C: Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

D: Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

E: Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

F: Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

ヘテロ分子

98.1 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.394, 73.954, 124.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bilirubin-inducible fluorescent protein UnaG / Unagi green fluorescent protein / UnaG 分子量: 15603.771 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anguilla japonica (ウナギ) / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0DM59
#2: 化合物	ChemComp-BLR / 3-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[[5-[(Z)-(3-ethenyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / Bilirubin IX alpha / ビリルビン分子量: 584.662 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₆N₄O₆
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1923 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20%w/v Polyethylene glycol 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月14日
放射	モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.98→50 Å / Num. obs: 457015 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 10.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 35
反射シェル	解像度: 0.98→1 Å / 冗長度: 1.2 % / R_merge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 27.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FDQ

1fdq

解像度: 1.199→31.923 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 14.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1586	11582	5 %
R_work	0.129	-	-
obs	0.1305	231540	92.31 %
all	-	327679	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.199→31.923 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6539	0	321	1923	8783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	7927
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.67	10828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.016	3253
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	1141
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1394

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1989-1.2125	0.2422	226	0.2157	4664	X-RAY DIFFRACTION	59
1.2125-1.2268	0.2425	274	0.2045	5522	X-RAY DIFFRACTION	69
1.2268-1.2418	0.2505	321	0.1958	5897	X-RAY DIFFRACTION	75
1.2418-1.2575	0.2255	342	0.197	6388	X-RAY DIFFRACTION	80
1.2575-1.274	0.2298	383	0.1846	6910	X-RAY DIFFRACTION	88
1.274-1.2915	0.221	353	0.1675	7111	X-RAY DIFFRACTION	90
1.2915-1.3099	0.2084	406	0.1608	7123	X-RAY DIFFRACTION	90
1.3099-1.3295	0.2046	369	0.1514	7187	X-RAY DIFFRACTION	91
1.3295-1.3503	0.1796	398	0.1446	7241	X-RAY DIFFRACTION	91
1.3503-1.3724	0.1898	372	0.1347	7234	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3724-1.3961	0.1944	381	0.1316	7308	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3961-1.4215	0.1795	392	0.1279	7389	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4215-1.4488	0.1936	396	0.1226	7415	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4488-1.4784	0.1625	375	0.1126	7516	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4784-1.5105	0.157	403	0.1071	7457	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5105-1.5457	0.1556	395	0.1096	7623	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5457-1.5843	0.158	417	0.1079	7626	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5843-1.6271	0.1595	375	0.1045	7696	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6271-1.675	0.1496	390	0.1007	7702	X-RAY DIFFRACTION	97
1.675-1.7291	0.139	392	0.1079	7774	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7291-1.7909	0.1552	449	0.1159	7787	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7909-1.8626	0.1505	429	0.1141	7850	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8626-1.9473	0.15	403	0.1147	7911	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9473-2.05	0.1398	376	0.1134	7956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1784	0.1377	400	0.1093	7965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1784-2.3465	0.1323	403	0.1175	7991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3465-2.5826	0.1533	440	0.1331	7935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5826-2.9561	0.1642	429	0.1364	8012	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9561-3.7234	0.1373	477	0.1228	7912	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7234-31.9342	0.164	416	0.1531	7856	X-RAY DIFFRACTION	97

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関連情報:EMDBヘッダ

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