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万見
- PDB-4i2w: Crystal structure of the myosin chaperone UNC-45 from C.elegans i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i2w
タイトルCrystal structure of the myosin chaperone UNC-45 from C.elegans in complex with a Hsp70 peptide
要素
  • Heat shock 70 kDa protein A
  • Protein UNC-45
キーワードChaperone/protein binding / chaperone / myosin folding / protein filaments / myofilament formation / TPR-peptide interaction / UCS domain containing protein / Hsp70 and Hsp90 co-chaperone / Chaperone-protein binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / mRNA Splicing - Major Pathway / HSF1-dependent transactivation / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / egg-laying behavior / embryo development ending in birth or egg hatching / locomotion ...GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / mRNA Splicing - Major Pathway / HSF1-dependent transactivation / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / egg-laying behavior / embryo development ending in birth or egg hatching / locomotion / retrograde transport, endosome to Golgi / sarcomere organization / muscle organ development / cleavage furrow / : / : / heat shock protein binding / protein folding chaperone / determination of adult lifespan / ATP-dependent protein folding chaperone / Hsp90 protein binding / response to heat / protein refolding / cell cortex / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UNC-45/Cro1/She4, central domain / Myosin-binding striated muscle assembly central / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily ...UNC-45/Cro1/She4, central domain / Myosin-binding striated muscle assembly central / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Tetratricopeptide repeat domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / ATPase, nucleotide binding domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
UNC-45 / Heat shock protein hsp-1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Clausen, T. / Gazda, L. / Hellerschmied, D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: The myosin chaperone UNC-45 is organized in tandem modules to support myofilament formation in C. elegans.
著者: Gazda, L. / Pokrzywa, W. / Hellerschmied, D. / Lowe, T. / Forne, I. / Mueller-Planitz, F. / Hoppe, T. / Clausen, T.
履歴
登録2012年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein UNC-45
B: Heat shock 70 kDa protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9152
ポリマ－109,9152
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area41440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.276, 86.276, 808.978
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Protein UNC-45 / UNC-45


分子量: 108928.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: unc-45, CELE_F30H5.1, F30H5.1 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: G5EG62
#2: タンパク質・ペプチド Heat shock 70 kDa protein A


分子量: 987.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P09446
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.89 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, 10% PEG 8000, 12% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 22485 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.6-3.7960.6971.11894231320.697100
3.79-4.026.40.4211.81905829860.421100
4.02-4.36.60.2682.91884528580.268100
4.3-4.656.40.2033.81703526420.203100
4.65-5.096.20.1774.31539524870.177100
5.09-5.695.70.1784.31279622480.17899.9
5.69-6.576.20.1425.31256220380.142100
6.57-8.055.90.0917.51028917520.091100
8.05-11.3850.05711.7720214320.05799.4
11.38-47.8174.70.05311.642809100.05398.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→47.817 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7941 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2845 1945 5 %
Rwork0.2345 --
obs-22485 99.7 %
溶媒の処理Bsol: 90.5247 Å2
原子変位パラメータBiso max: 200 Å2 / Biso mean: 125.948 Å2 / Biso min: 41.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.734 Å20 Å20 Å2
2---13.734 Å20 Å2
3---27.469 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→47.817 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7052 0 0 0 7052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.7621.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.8052
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.7342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.0522.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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