PDB-4i2u: Crystal structure of the reduced glutaredoxin from Chlorella soro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i2u

タイトル

Crystal structure of the reduced glutaredoxin from Chlorella sorokiniana T-89 in complex with glutathione

要素

glutaredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cell redox homeostasis / Thioredoxin fold / Glutathione Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione disulfide oxidoreductase activity / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorella sorokiniana (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Nien, C.-Y. / Cheng, C.-Y. / Shaw, J.-F. / Chen, Y.-T. / Liu, J.-H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and functional analysis of glutaredoxin from Chlorella sorokiniana T-89
著者: Nien, C.-Y. / Cheng, C.-Y. / Shaw, J.-F. / Chen, Y.-T. / Liu, J.-H.

履歴

登録	2012年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i2u.cif.gz	77.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i2u.ent.gz	58.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i2u_validation.pdf.gz	655.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i2u_full_validation.pdf.gz	655.5 KB	表示
XML形式データ	4i2u_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	4i2u_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/4i2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/4i2u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i2tC 2e7pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fe5-1 2e7p-2 2e3v-2 6g7g-d 5fe4-2 3fq9-4 2pbc-4 5kqa-d 6s93-1 2dgx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: glutaredoxin

ヘテロ分子

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.676, 51.310, 55.658
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	glutaredoxin 分子量: 12493.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorella sorokiniana (植物) / 株: T-89 / 遺伝子: grx / プラスミド: pET-20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V9GZ94*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 5mM DTT, 30%(w/v) PEG 3000 , 0.1M CHES, pH 9., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 24433 / Num. obs: 24365 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 9.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 30.615
反射シェル	解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 2.925 / Num. unique all: 2371 / R_sym value: 0.312 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E7P

2e7p

解像度: 1.3→24.463 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.9289 / SU ML: 0.12 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: PHENIX DEFAULT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 位相誤差: 12.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1664	1999	8.22 %	RANDOM
R_work	0.1394	-	-	-
all	0.1416	24433	-	-
obs	0.1416	24314	99.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.563 Å² / k_sol: 0.461 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 49.54 Å² / B_iso mean: 13.3058 Å² / B_iso min: 4.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7449 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.7998 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.5446 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.463 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	828	0	20	149	997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	871
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.267	1172
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.393	333
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	133
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	153

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.3-1.3325	0.2028	146	0.1985	1546	99
1.3325-1.3686	0.2112	133	0.1747	1554	99
1.3686-1.4088	0.1884	138	0.1589	1573	99
1.4088-1.4543	0.1506	134	0.1436	1576	100
1.4543-1.5063	0.1499	147	0.1299	1567	100
1.5063-1.5666	0.1521	142	0.1285	1567	100
1.5666-1.6379	0.1566	142	0.1241	1581	100
1.6379-1.7242	0.165	137	0.126	1595	100
1.7242-1.8322	0.1507	141	0.1302	1579	100
1.8322-1.9736	0.1329	152	0.1241	1609	100
1.9736-2.1721	0.1637	142	0.1261	1600	100
2.1721-2.4861	0.1575	140	0.1258	1604	100
2.4861-3.1312	0.1743	148	0.1477	1642	100
3.1312-24.4669	0.1804	157	0.1498	1722	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4512	0.5819	0.458	2.8039	-0.8174	2.4413	0.0148	0.3547	0.0615	-0.3637	0.0237	-0.1865	0.0857	0.0679	-0.036	0.1185	0.0025	0.0135	0.1064	-0.0016	0.0684	18.737	34.3453	4.8984
2	0.7538	-0.1674	0.0275	1.2052	-0.236	0.7137	-0.0111	0.0095	-0.0238	0.0024	0.0279	0.0019	0.0374	-0.0291	-0.0253	0.0601	-0.004	-0.0107	0.0644	-0.004	0.0563	12.4897	23.5009	10.0638
3	1.3337	-0.7304	-0.9162	0.5128	0.5259	0.7375	-0.0131	0.0287	-0.109	0.0373	-0.0485	0.0945	0.012	-0.0513	0.0422	0.0805	-0.0007	-0.001	0.0802	-0.0057	0.0815	7.0118	19.1723	16.5272
4	1.4151	-0.0808	-1.4353	1.3274	0.9625	2.0424	0.1054	0.321	0.0611	-0.0868	0.2009	0.0266	0.0738	-0.106	-0.2478	0.1013	-0	-0.0128	0.1736	-0.0163	0.1202	0.7536	26.9949	11.3327
5	1.3473	1.0323	0.0938	1.0702	0.045	1.0881	-0.039	0.2053	-0.0618	-0.0909	0.0671	-0.0807	0.0772	0.0758	-0.0301	0.0667	0.0108	-0.0013	0.087	-0.0087	0.0676	20.8222	25.1039	7.0949
6	0.6655	0.4246	0.524	1.124	-0.2667	0.8361	0.001	-0.013	0.0043	0.0357	-0.0053	-0.0753	0.0128	0.0183	-0.0043	0.066	0.0015	0.0009	0.0691	-0.0023	0.0595	16.6535	27.9994	16.1889
7	0.2839	0.3568	-0.8016	0.5924	-1.1937	2.7607	-0.1051	-0.2819	-0.0004	0.1624	0.1789	0.0266	0.1845	-0.0521	-0.0803	0.1111	0.015	0.0018	0.1183	-0.0028	0.0669	8.6952	23.724	24.99
8	1.3106	-0.475	1.8172	0.251	-0.5985	2.6661	-0.0221	-0.2312	0.111	0.1629	0.1507	-0.0089	0.0327	-0.0429	-0.0983	0.0969	0.0151	0.0095	0.1212	-0.0063	0.0634	3.7457	33.837	22.7219
9	2.0665	0.2486	2.1602	4.5939	1.5481	2.6222	-0.0383	-0.3421	0.0706	0.3627	-0.0883	0.4012	0.0454	-0.3376	0.1459	0.1306	0.017	0.0155	0.1664	0.0034	0.1372	-4.468	35.215	19.629

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:14)	A	2 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 15:25)	A	15 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 26:37)	A	26 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 38:44)	A	38 - 44
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 45:66)	A	45 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 67:83)	A	67 - 83
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 84:93)	A	84 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 94:102)	A	94 - 102
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 103:110)	A	103 - 110

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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