ソフトウェア 名称 バージョン 分類 HKL-2000データ収集 PHASES位相決定 REFMAC5.5.0110精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1DNS解像度 : 1.25→15.9 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.957 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.948 / SU B : 0.948 / SU ML : 0.039 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.052 / ESU R Free : 0.051 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.21729 279 4.5 % RANDOM Rwork 0.20908 - - - all 0.20947 6256 - - obs 0.20947 5900 96.34 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 18.517 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.01 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0.01 Å2 0 Å2 3- - - -0.01 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.25→15.9 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 163 2 21 186
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.04 0.021 180 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg3.373 3 271 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_degX-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.487 0.2 32 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.034 0.02 84 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.297 3 180 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it2.753 4.5 271 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 1.251→1.283 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.536 17 - Rwork 0.363 373 - obs - - 86.67 %