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- PDB-4i0u: Improved structure of Thermotoga maritima CorA at 2.7 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i0u
タイトルImproved structure of Thermotoga maritima CorA at 2.7 A resolution
要素Magnesium transport protein CorA
キーワードMETAL TRANSPORT / magnesium/cobalt transport / MEMBRANE PROTEIN / CORA
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalt ion transport / magnesium ion transmembrane transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / protein homooligomerization / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle ...Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cobalt/magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nordin, N. / Guskov, A. / Phua, T. / Sahaf, N. / Xia, Y. / Lu, S.Y. / Eshaghi, H. / Eshaghi, S.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Exploring the structure and function of Thermotoga maritima CorA reveals the mechanism of gating and ion selectivity in Co2+/Mg2+ transport.
著者: Nordin, N. / Guskov, A. / Phua, T. / Sahaf, N. / Xia, Y. / Lu, S.Y. / Eshaghi, H. / Eshaghi, S.
履歴
登録2012年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium transport protein CorA
B: Magnesium transport protein CorA
C: Magnesium transport protein CorA
D: Magnesium transport protein CorA
E: Magnesium transport protein CorA
F: Magnesium transport protein CorA
G: Magnesium transport protein CorA
H: Magnesium transport protein CorA
I: Magnesium transport protein CorA
J: Magnesium transport protein CorA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)419,90672
ポリマ－414,98110
非ポリマー4,92562
水4,342241
1
A: Magnesium transport protein CorA
B: Magnesium transport protein CorA
C: Magnesium transport protein CorA
D: Magnesium transport protein CorA
E: Magnesium transport protein CorA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,86139
ポリマ－207,4905
非ポリマー3,37034
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31640 Å2
ΔGint-358 kcal/mol
Surface area71520 Å2
手法PISA
2
F: Magnesium transport protein CorA
G: Magnesium transport protein CorA
H: Magnesium transport protein CorA
I: Magnesium transport protein CorA
J: Magnesium transport protein CorA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,04533
ポリマ－207,4905
非ポリマー1,55428
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30510 Å2
ΔGint-320 kcal/mol
Surface area69740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.250, 151.500, 143.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 13分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Magnesium transport protein CorA


分子量: 41498.082 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: corA, TM_0561 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ31
#4: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 300分子

#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM MGCL2, 10% PEG 1500, 1% DDM, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38.5 Å / Num. all: 121642 / Num. obs: 121600 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 74.97 Å2
反射 シェル解像度: 2.7→2.7307 Å / % possible all: 77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 2.7→38.305 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.49 / SU ML: 0.56 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 35.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2891 6079 5 %
Rwork0.2281 --
obs0.2312 121600 90.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 126.9318 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.305 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28551 0 294 241 29086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01129500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.61839934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.47411296
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1164550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084971
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.73070.40051690.33883201X-RAY DIFFRACTION77
2.7307-2.76280.40152080.34513947X-RAY DIFFRACTION92
2.7628-2.79650.42142060.35453920X-RAY DIFFRACTION93
2.7965-2.83190.38652070.35093944X-RAY DIFFRACTION93
2.8319-2.86910.41842110.33394001X-RAY DIFFRACTION94
2.8691-2.90840.33662070.32123944X-RAY DIFFRACTION93
2.9084-2.94990.41422070.33053929X-RAY DIFFRACTION94
2.9499-2.9940.38932090.32743966X-RAY DIFFRACTION93
2.994-3.04070.38612100.34053989X-RAY DIFFRACTION93
3.0407-3.09050.41912040.32333888X-RAY DIFFRACTION93
3.0905-3.14380.3452070.2983933X-RAY DIFFRACTION92
3.1438-3.2010.3782070.29343919X-RAY DIFFRACTION93
3.201-3.26250.51052010.41443843X-RAY DIFFRACTION90
3.2625-3.3290.53822050.48433900X-RAY DIFFRACTION92
3.329-3.40140.34312070.28793925X-RAY DIFFRACTION92
3.4014-3.48050.33532050.27053900X-RAY DIFFRACTION92
3.4805-3.56740.34082040.25513888X-RAY DIFFRACTION92
3.5674-3.66380.34472050.26083889X-RAY DIFFRACTION91
3.6638-3.77150.43462040.33633877X-RAY DIFFRACTION91
3.7715-3.89320.31962040.26043879X-RAY DIFFRACTION91
3.8932-4.03220.32352020.21813835X-RAY DIFFRACTION90
4.0322-4.19340.25922030.19833847X-RAY DIFFRACTION91
4.1934-4.3840.24832020.19073849X-RAY DIFFRACTION90
4.384-4.61480.23772020.17713824X-RAY DIFFRACTION89
4.6148-4.90340.2451990.17323785X-RAY DIFFRACTION89
4.9034-5.28110.23861990.18823783X-RAY DIFFRACTION88
5.2811-5.81090.28162000.19853790X-RAY DIFFRACTION89
5.8109-6.64790.25761970.19643754X-RAY DIFFRACTION88
6.6479-8.36130.22261980.18123761X-RAY DIFFRACTION87
8.3613-38.30880.22991900.18423611X-RAY DIFFRACTION83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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