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万見
- PDB-4i0r: Crystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with 2-(3,4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i0r
タイトルCrystal structure of spleen tyrosine kinase complexed with 2-(3,4,5-Trimethoxy-phenyl)-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine-7-carboxylic acid isopropylamide
要素Tyrosine-protein kinase SYK
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serotonin secretion by platelet / interleukin-15 receptor binding / positive regulation of interleukin-3 production / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonic acid secretion / cellular response to lectin / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / B cell receptor complex ...serotonin secretion by platelet / interleukin-15 receptor binding / positive regulation of interleukin-3 production / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonic acid secretion / cellular response to lectin / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / B cell receptor complex / neutrophil activation involved in immune response / Toll-like receptor binding / regulation of platelet aggregation / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / regulation of platelet activation / lymph vessel development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / cell activation / positive regulation of mast cell degranulation / beta selection / regulation of phagocytosis / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of killing of cells of another organism / leukotriene biosynthetic process / cellular response to molecule of fungal origin / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / FLT3 signaling through SRC family kinases / early phagosome / interleukin-3-mediated signaling pathway / cellular response to lipid / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Interleukin-2 signaling / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / blood vessel morphogenesis / T cell receptor complex / positive regulation of B cell differentiation / leukocyte cell-cell adhesion / mast cell degranulation / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Dectin-2 family / Fc-epsilon receptor signaling pathway / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / phospholipase binding / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of receptor internalization / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / FCGR activation / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of bone resorption / phosphatase binding / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / positive regulation of calcium-mediated signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of TORC1 signaling / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of interleukin-12 production / phosphotyrosine residue binding / SH2 domain binding / Integrin signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / 好中球 / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / B cell differentiation / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of superoxide anion generation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / calcium-mediated signaling / Regulation of signaling by CBL / positive regulation of protein-containing complex assembly / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / animal organ morphogenesis / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / receptor internalization / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / 凝固・線溶系 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / positive regulation of interleukin-6 production / protein import into nucleus / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / integrin binding / positive regulation of tumor necrosis factor production
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1B4 / Tyrosine-protein kinase SYK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kuglstatter, A. / Villasenor, A.G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Pyrrolopyrazines as selective spleen tyrosine kinase inhibitors.
著者: Padilla, F. / Bhagirath, N. / Chen, S. / Chiao, E. / Goldstein, D.M. / Hermann, J.C. / Hsu, J. / Kennedy-Smith, J.J. / Kuglstatter, A. / Liao, C. / Liu, W. / Lowrie, L.E. / Luk, K.C. / Lynch, ...著者: Padilla, F. / Bhagirath, N. / Chen, S. / Chiao, E. / Goldstein, D.M. / Hermann, J.C. / Hsu, J. / Kennedy-Smith, J.J. / Kuglstatter, A. / Liao, C. / Liu, W. / Lowrie, L.E. / Luk, K.C. / Lynch, S.M. / Menke, J. / Niu, L. / Owens, T.D. / O-Yang, C. / Railkar, A. / Schoenfeld, R.C. / Slade, M. / Steiner, S. / Tan, Y.C. / Villasenor, A.G. / Wang, C. / Wanner, J. / Xie, W. / Xu, D. / Zhang, X. / Zhou, M. / Lucas, M.C.
履歴
登録2012年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase SYK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2542
ポリマ－33,8841
非ポリマー3701
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.785, 85.118, 90.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase SYK / / Spleen tyrosine kinase / p72-Syk


分子量: 33884.004 Da / 分子数: 1 / 断片: protein kinase domain (UNP residues 356-635) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: P43405, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-1B4 / N-(propan-2-yl)-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine-7-carboxamide


分子量: 370.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.08 Å / Num. obs: 18234 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 39.4 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1710 / Rsym value: 0.513 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1XBB

1xbb


解像度: 2.1→45.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 14.526 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27151 931 5.1 %RANDOM
Rwork0.23499 ---
obs0.23682 17258 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---2.71 Å20 Å2
3---2.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2152 0 27 80 2259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222235
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1011.983012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.995259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78224.078103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23915408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4771512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.21053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0970.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5651.51367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92622104
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.33131046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0484.5908
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 48 -
Rwork0.309 1060 -
obs--85.56 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.6405 Å / Origin y: 10.7144 Å / Origin z: 20.2481 Å
111213212223313233
T-0.0062 Å2-0.0274 Å20.016 Å2-0.0395 Å20.0051 Å2---0.0352 Å2
L2.0366 °21.2694 °2-1.4589 °2-4.2599 °2-1.599 °2--1.1822 °2
S-0.1687 Å °-0.0014 Å °-0.0243 Å °-0.1234 Å °0.0575 Å °-0.2558 Å °0.1402 Å °-0.09 Å °0.1112 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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