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- PDB-4hyy: Filament of octameric rings of DMC1 recombinase from Homo sapiens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hyy
タイトルFilament of octameric rings of DMC1 recombinase from Homo sapiens
要素Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
キーワードRECOMBINATION / RecA homolog / DNA strand exchange / DNA / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


female gamete generation / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / DNA recombinase assembly / double-strand break repair involved in meiotic recombination / homologous chromosome pairing at meiosis / DNA strand invasion / mitotic recombination / DNA strand exchange activity / lateral element / reciprocal meiotic recombination ...female gamete generation / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / DNA recombinase assembly / double-strand break repair involved in meiotic recombination / homologous chromosome pairing at meiosis / DNA strand invasion / mitotic recombination / DNA strand exchange activity / lateral element / reciprocal meiotic recombination / oocyte maturation / ATP-dependent DNA damage sensor activity / male meiosis I / spermatid development / ATP-dependent activity, acting on DNA / ovarian follicle development / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / Meiotic recombination / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / chromosome / double-stranded DNA binding / spermatogenesis / chromosome, telomeric region / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Meiotic recombination protein Dmc1 / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain ...Meiotic recombination protein Dmc1 / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.603 Å
データ登録者Du, L. / Luo, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of a filament of stacked octamers of human DMC1 recombinase.
著者: Du, L. / Luo, Y.
履歴
登録2012年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,2704
ポリマ－118,2704
非ポリマー00
水1,72996
1
A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,5408
ポリマ－236,5408
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area19440 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area77560 Å2
手法PISA
2
C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,5408
ポリマ－236,5408
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area19330 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area75270 Å2
手法PISA
3
A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog

C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)473,08016
ポリマ－473,08016
非ポリマー00
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation2_556-x,-y,z+11
crystal symmetry operation3_556-y,x,z+11
crystal symmetry operation4_556y,-x,z+11
Buried area42900 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area148700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.997, 123.997, 91.713
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

-
要素

#1: タンパク質
Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog


分子量: 29567.510 Da / 分子数: 4 / 断片: ATPase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DMC1, DMC1H, LIM15 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q14565
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 6% PEG 3350, 0.5 M NaCl, 0.05 M MgCl2, 0.05 M HEPES-NACl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月24日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.5 Å / Num. all: 43421 / Num. obs: 42118 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6906 / Rsym value: 0.419 / % possible all: 82.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V5W

1v5w


解像度: 2.603→47.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 22.484 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24615 2085 5.1 %RANDOM
Rwork0.17851 ---
all0.18187 40632 --
obs0.18187 39104 96.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.603→47.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7536 0 0 96 7632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0197668
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9061.95710316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5265956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.86823.516364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.601151352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2951560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.21144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.603→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 140 -
Rwork0.296 2298 -
obs--79.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.06810.6289-0.02582.22210.11990.09350.0868-0.45560.16910.2524-0.06830.0501-0.06470.0602-0.01850.1378-0.02870.01430.11-0.03680.01276.0627-42.0866-22.5246
24.5993-3.0102-0.15363.79640.180.0308-0.3127-0.56920.0220.56240.31040.16220.04150.01810.00230.13090.05210.02770.1222-0.01910.0205-25.4648-34.0794-22.5163
35.13151.4301-0.01572.3014-0.26660.4994-0.18270.56520.0591-0.2410.195-0.0390.05270.0503-0.01230.169-0.03030.02680.13860.0020.007313.3094-40.0301-63.5794
46.324-2.54120.14663.05340.0320.25610.28440.8835-0.1689-0.4176-0.28530.017-0.0288-0.02780.00090.20610.03070.02130.2417-0.0410.0111-18.9915-37.9174-63.4442
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A84 - 338
2X-RAY DIFFRACTION2B84 - 338
3X-RAY DIFFRACTION3C84 - 338
4X-RAY DIFFRACTION4D84 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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