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- PDB-4hwu: Crystal structure of the Ig-C2 type 1 domain from mouse Fibroblas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hwu
タイトルCrystal structure of the Ig-C2 type 1 domain from mouse Fibroblast growth factor receptor 2 (FGFR2) [NYSGRC-005912]
要素Fibroblast growth factor receptor 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / FGFR2 / KGFR / CD332 / Ig-C2 type 1 domain / Ig superfamily / Structural genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN
機能・相同性
機能・相同性情報


coronal suture morphogenesis / FGFR2c ligand binding and activation / FGFR2b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / urothelial cell proliferation / positive regulation of urothelial cell proliferation / endodermal digestive tract morphogenesis / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR2 / mitotic nuclear division ...coronal suture morphogenesis / FGFR2c ligand binding and activation / FGFR2b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / urothelial cell proliferation / positive regulation of urothelial cell proliferation / endodermal digestive tract morphogenesis / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR2 / mitotic nuclear division / FRS-mediated FGFR2 signaling / fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / PI3K Cascade / Negative regulation of FGFR2 signaling / lens fiber cell development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development / lacrimal gland development / prostate gland morphogenesis / otic vesicle formation / regulation of smooth muscle cell differentiation / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / regulation of morphogenesis of a branching structure / orbitofrontal cortex development / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / embryonic organ morphogenesis / branching morphogenesis of a nerve / morphogenesis of embryonic epithelium / RAF/MAP kinase cascade / bud elongation involved in lung branching / epidermis morphogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / PIP3 activates AKT signaling / reproductive structure development / limb bud formation / membranous septum morphogenesis / lung lobe morphogenesis / gland morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / embryonic digestive tract morphogenesis / mesenchymal cell differentiation / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / pyramidal neuron development / branching involved in prostate gland morphogenesis / mesenchymal cell proliferation / regulation of osteoblast proliferation / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic pattern specification / lung-associated mesenchyme development / outflow tract septum morphogenesis / regulation of epithelial cell proliferation / regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of mitotic nuclear division / bone morphogenesis / digestive tract development / odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / cardiac muscle cell proliferation / inner ear morphogenesis / organ growth / hair follicle morphogenesis / neuromuscular junction development / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / synaptic vesicle transport / prostate epithelial cord elongation / lung alveolus development / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / midbrain development / positive regulation of stem cell proliferation / bone mineralization / fibroblast growth factor binding / positive regulation of cell division / excitatory synapse / positive regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / embryonic organ development / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of cell cycle / epithelial cell differentiation / ERK1 and ERK2 cascade / axonogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / post-embryonic development / animal organ morphogenesis
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.903 Å
データ登録者Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Banu, R. / Bhosle, R. / Calarese, D. / Celikigil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chowdhury, S. / Fiser, A. ...Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Banu, R. / Bhosle, R. / Calarese, D. / Celikigil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Garforth, S. / Glenn, A.S. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Love, J. / Patel, H. / Rubinstein, R. / Seidel, R. / Stead, M. / Toro, R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the Ig-C2 type 1 domain from mouse FGFR2 [NYSGRC-005912]
著者: Kumar, P.R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 2
B: Fibroblast growth factor receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7572
ポリマ－20,7572
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.818, 53.818, 122.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 2 / FGFR-2 / Keratinocyte growth factor receptor / KGFR


分子量: 10378.567 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bek, Ect1, Fgfr2 / プラスミド: pIEX / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: P21803, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (1.1M Malonic acid, 0.15M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072M Succinic acid, 0.18M DL-Malic Acid, 0.24M Sodium acetate, 0.3M ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (1.1M Malonic acid, 0.15M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072M Succinic acid, 0.18M DL-Malic Acid, 0.24M Sodium acetate, 0.3M Sodium formate, 0.096M Ammonium tartrate dibasic, pH 7.0), Cryoprotection (Reservoir + 20% Glycerol, a speck of I3C (Jena Biosciences) heavy atom), Sitting Drop Vapor Diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 8822 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Χ2: 1.3 / Net I/σ(I): 17.75
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.9-2.959.14300.9161100
2.95-310.14550.9221100
3-3.0611.14160.951100
3.06-3.1211.34540.91611000.875
3.12-3.1911.24550.98511000.719
3.19-3.2711.44171.01311000.544
3.27-3.3511.54641.05211000.586
3.35-3.4411.44231.14111000.449
3.44-3.5411.44471.18911000.387
3.54-3.65114301.74511000.469
3.65-3.7810.54332.24811000.28
3.78-3.9411.34521.79311000.25
3.94-4.1111.54441.48411000.166
4.11-4.3311.54301.39211000.137
4.33-4.611.54521.49211000.125
4.6-4.9611.54471.4711000.111
4.96-5.4611.44391.38311000.117
5.46-6.2411.34361.24511000.102
6.24-7.8611.24501.19711000.082
7.86-5011.34481.42111000.057

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.903→46.608 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7795 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2522 225 4.66 %RANDOM
Rwork0.2265 ---
obs0.2277 4833 98.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 205.6 Å2 / Biso mean: 22.2141 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.903→46.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1168 0 0 16 1184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4051621
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4419
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9031-3.65740.25311150.22152251236699
3.6574-46.61370.25171100.22862357246798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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