[日本語] English
万見
- PDB-4hw8: 2.25 Angstrom Structure of the Extracellular Solute-binding Prote... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hw8
タイトル2.25 Angstrom Structure of the Extracellular Solute-binding Protein from Staphylococcus aureus in complex with Maltose.
要素Bacterial extracellular solute-binding protein, putative
キーワードSOLUTE-BINDING PROTEIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / : / Maltodextrin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.251 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.25 Angstrom Structure of the Extracellular Solute-binding Protein from Staphylococcus aureus in complex with Maltose.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bacterial extracellular solute-binding protein, putative
B: Bacterial extracellular solute-binding protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,92425
ポリマ－95,6322
非ポリマー2,29223
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area32160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.363, 102.363, 190.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Bacterial extracellular solute-binding protein, putative


分子量: 47816.090 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular solute-binding protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_00176 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q2G1E9
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 548分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 7.4mg/mL, 0.25M Sodium cloride, 0.01M Tris-HCl pH 8.3; Screen: Classics II (A6), 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 2M Ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 53334 / Num. obs: 53334 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZY0

2zy0


解像度: 2.251→29.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.629 / SU ML: 0.095
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21499 2699 5.1 %RANDOM
Rwork0.16626 ---
obs0.16872 50571 99.86 %-
all-50571 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.478 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.86 Å21.43 Å20 Å2
2--2.86 Å20 Å2
3----4.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.251→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6032 0 123 527 6682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3721.9778820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83310920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1625798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5926.146301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.526151184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3571510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9591.53891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2551.51567
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77826296
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9833.52610
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.30442524
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.251→2.309 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 179 -
Rwork0.258 3667 -
obs--98.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2439-0.1714-0.76742.73441.41163.5770.0091-0.14750.0952-0.27980.2065-0.5032-0.18740.3976-0.21560.11760.0690.03380.1508-0.06230.122284.3911-21.7992-7.5742
21.2966-0.1664-0.41881.73620.95662.7715-0.1071-0.1544-0.02730.0970.08330.13410.1144-0.13470.02380.0334-0.0062-0.00230.1050.01580.01853.634-21.50821.7829
31.36830.17560.42281.62730.86473.0997-0.1539-0.02940.035-0.09470.12910.1028-0.1015-0.12870.02490.03340.00320.00690.09050.00410.028352.2859-15.31571.9946
41.86990.197-0.56591.64690.57521.8884-0.0791-0.30410.09630.06030.1895-0.23610.07620.359-0.11030.05680.0796-0.02540.1605-0.05950.044977.534-20.3953-0.0123
54.314-0.2444-0.95580.5031-0.36383.17440.01820.2743-0.2257-0.1342-0.08910.16530.3981-0.35540.07090.1567-0.0694-0.02270.1526-0.03850.07852.4068-30.7711-15.0699
63.0263-0.2844-0.04122.3961.70723.0003-0.1901-0.09580.34860.08120.3952-0.3087-0.0450.3573-0.20510.1521-0.0193-0.00720.0799-0.06720.087574.14053.8572-25.3225
71.14410.0843-0.72111.83941.06063.3324-0.09510.14870.0325-0.21880.10240.10560.0283-0.3743-0.00730.0508-0.0706-0.02240.15780.02760.010851.9538-17.3098-34.3367
81.58040.0756-1.65351.39090.39723.7506-0.1652-0.0209-0.0669-0.10730.1257-0.03050.3838-0.07970.03950.1078-0.0735-0.01590.1243-0.00780.027355.405-23.3505-34.1079
91.60230.1064-0.07251.4720.7541.8629-0.11660.07090.0866-0.190.2256-0.1877-0.15130.1724-0.1090.127-0.05770.03030.0444-0.02850.031969.5101-2.0584-33.021
103.02941.93050.49544.55161.50283.7436-0.0192-0.03270.0550.2378-0.01540.362-0.1212-0.59410.03460.03940.03810.02390.21210.0280.042344.5879-11.2645-17.6743
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A40 - 152
2X-RAY DIFFRACTION2A153 - 227
3X-RAY DIFFRACTION3A228 - 298
4X-RAY DIFFRACTION4A299 - 376
5X-RAY DIFFRACTION5A377 - 415
6X-RAY DIFFRACTION6B40 - 152
7X-RAY DIFFRACTION7B153 - 227
8X-RAY DIFFRACTION8B228 - 296
9X-RAY DIFFRACTION9B297 - 376
10X-RAY DIFFRACTION10B377 - 415

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る