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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hw1 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Multiple Crystal structures of an all-AT DNA dodecamer stabilized by weak interactions. | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Oligonucleotide / weak interactions / B form DNA | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | データ登録者 | Acosta-Reyes, F. / Subirana, J.A. / Pous, J. / Condom, N. / Malinina, L. / Campos, J.L. | 引用 | ジャーナル: Biopolymers / 年: 2015 | タイトル: Polymorphic crystal structures of an all-AT DNA dodecamer. 著者: Acosta-Reyes, F.J. / Subirana, J.A. / Pous, J. / Sanchez-Giraldo, R. / Condom, N. / Baldini, R. / Malinina, L. / Campos, J.L. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hw1.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hw1.ent.gz | 24.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hw1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hw1_validation.pdf.gz | 378.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hw1_full_validation.pdf.gz | 378.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4hw1_validation.xml.gz | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hw1_validation.cif.gz | 4.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hw1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3659.440 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA oligonucleotide. #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Mg, MPD, Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9796 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月2日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.099→24.36 Å / Num. all: 2435 / Num. obs: 2433 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.25 % / Biso Wilson estimate: 58.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 9.7952 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: theoretic model of B-DNA 解像度: 3.1→24.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.57 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.486 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→24.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.099→3.179 Å / Total num. of bins used: 20
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