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万見
- PDB-4hu2: Crystal structure of LdtMt2, a L,D-transpeptidase from Mycobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hu2
タイトルCrystal structure of LdtMt2, a L,D-transpeptidase from Mycobacterium tuberculosis: domain A and B
要素PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPS
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Cell-wall / transpeptidase / Immunoglobuline-fold / peptidoglycan
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / peptidoglycan metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3780 / Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Immunoglobulin-like - #3780 / Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L,D-transpeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Both, D. / Steiner, E. / Lindqvist, Y. / Schnell, R. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of LdtMt2, an L,D-transpeptidase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Both, D. / Steiner, E.M. / Stadler, D. / Lindqvist, Y. / Schnell, R. / Schneider, G.
履歴
登録2012年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2413
ポリマ－21,0491
非ポリマー1922
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.433, 27.638, 67.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-466-

HOH

21A-704-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE CONSERVED LIPOPROTEIN LPPS


分子量: 21048.533 Da / 分子数: 1 / 断片: A and B domain residues 55-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: H37Rv, lppS, MT2594, Rv2518c / プラスミド: pNIC28Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O53223
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-TRIS propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月9日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→33.7 Å / Num. all: 34254 / Num. obs: 34254 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2.8 / Observed criterion σ(I): 2.8 / Rmerge(I) obs: 0.038
反射 シェル解像度: 1.456→1.493 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 34254 / Rsym value: 0.489 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→33.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.011 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.8 / σ(I): 2.8 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21813 1728 5 %RANDOM
Rwork0.16239 ---
obs0.16525 32519 98.85 %-
all-32519 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.22 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.077 Å0.081 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→33.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1455 0 10 309 1774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.9492132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92832432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6595207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.59823.67668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25215224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4431512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02320
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.06232544
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.242599
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.18352715
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.456-1.4930.21817280.165320003251998.9
1.493-1.530.3191170.273463694.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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