PDB-4htx: Crystal structure of PDE2 catalytic domain in complex with BAY60-7550

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4htx

タイトル

Crystal structure of PDE2 catalytic domain in complex with BAY60-7550

要素

cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhu, J. / Huang, Q.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: X-ray Crystal Structure of Phosphodiesterase 2 in Complex with a Highly Selective, Nanomolar Inhibitor Reveals a Binding-Induced Pocket Important for Selectivity.
著者: Zhu, J. / Yang, Q. / Dai, D. / Huang, Q.

履歴

登録	2012年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Data collection
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4htx.cif.gz	554.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4htx.ent.gz	457.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4htx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4htx_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4htx_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4htx_validation.xml.gz	53.2 KB	表示
CIF形式データ	4htx_validation.cif.gz	75.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4htx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4htx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4htzC 1z1lS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vp1-2 4htz-1 5vp0-2 5vp1-1 6zqz-2 5xkm-3 3itu-6 3itu-5 4htz-2 5vp0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

B: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

C: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

D: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

ヘテロ分子

162 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

C: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

D: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.260, 73.820, 92.470
Angle α, β, γ (deg.)	109.59, 91.93, 90.88
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase / Cyclic GMP-stimulated phosphodiesterase / CGS-PDE / cGSPDE 分子量: 39965.777 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 578-919 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O00408, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-19F / 2-(3,4-dimethoxybenzyl)-7-[(2R,3R)-2-hydroxy-6-phenylhexan-3-yl]-5-methylimidazo[5,1-f][1,2,4]triazin-4(3H)-one / BAY60-7550 / BAY-60-7550 分子量: 476.567 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₂N₄O₄ / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.6 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.16 Å / Num. obs: 97808

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Z1L

1z1l

解像度: 1.9→44.16 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	4915	5.03 %
R_work	0.1727	-	-
obs	0.1754	97767	88.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.7068 Å²	1.1352 Å²	-5.8967 Å²
2-	-	3.516 Å²	-3.2882 Å²
3-	-	-	1.1908 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10565	0	148	705	11418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10988
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.023	14875
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.555	3953
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1617
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1883

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.3248	160	0.2638	3024	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9216-1.9442	0.3343	166	0.2379	3023	X-RAY DIFFRACTION	87
1.9442-1.9679	0.2562	142	0.2339	3055	X-RAY DIFFRACTION	87
1.9679-1.9928	0.276	150	0.2297	3063	X-RAY DIFFRACTION	87
1.9928-2.019	0.3214	159	0.2224	3030	X-RAY DIFFRACTION	88
2.019-2.0467	0.274	188	0.2188	3081	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0467-2.0759	0.2779	149	0.2066	3137	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0759-2.1069	0.2813	172	0.2061	3143	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1069-2.1399	0.2594	169	0.1979	3080	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1399-2.1749	0.2488	162	0.1861	3193	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1749-2.2124	0.2341	174	0.1821	3125	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2124-2.2527	0.2902	180	0.1843	3238	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2527-2.296	0.2428	185	0.1807	3155	X-RAY DIFFRACTION	91
2.296-2.3429	0.2352	153	0.1797	3208	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3429-2.3938	0.2333	171	0.1709	3148	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3938-2.4495	0.254	190	0.1661	3187	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4495-2.5107	0.2419	149	0.171	3209	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5107-2.5786	0.2415	187	0.1719	3179	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5786-2.6545	0.2488	181	0.1741	3192	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6545-2.7401	0.2047	156	0.1725	3185	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7401-2.8381	0.2536	160	0.1675	3193	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8381-2.9517	0.2525	182	0.1755	3177	X-RAY DIFFRACTION	91
2.9517-3.086	0.2336	156	0.1724	3167	X-RAY DIFFRACTION	91
3.086-3.2486	0.1918	163	0.1596	3139	X-RAY DIFFRACTION	90
3.2486-3.4521	0.2091	149	0.1579	3172	X-RAY DIFFRACTION	90
3.4521-3.7185	0.2217	155	0.15	3104	X-RAY DIFFRACTION	88
3.7185-4.0925	0.1771	164	0.1401	3004	X-RAY DIFFRACTION	86
4.0925-4.6841	0.1475	155	0.1396	2695	X-RAY DIFFRACTION	77
4.6841-5.8992	0.2074	153	0.1634	3099	X-RAY DIFFRACTION	89
5.8992-44.1746	0.215	135	0.189	2447	X-RAY DIFFRACTION	70

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.242	0.3586	0.1061	4.147	1.557	2.7922	0.065	-0.313	-0.4945	0.3841	-0.0502	0.2403	0.5423	-0.1106	0.0217	0.24	-0.0756	-0.0116	0.2576	0.0829	0.2739	-32.738	3.3479	22.7372
2	1.8696	-1.1734	1.2814	3.2344	-1.4717	6.4209	0.2292	-0.2381	-0.3146	0.0042	-0.174	0.195	0.4565	-0.533	-0.0865	0.1664	-0.073	-0.0186	0.205	0.0324	0.2172	-35.7602	6.5939	14.0483
3	2.2721	0.0141	0.1482	1.0872	0.1193	1.666	0.0605	-0.1003	-0.0952	-0.099	-0.0169	0.053	0.0391	-0.0076	-0.0206	0.1115	-0.0213	0.0131	0.0971	0.0186	0.1314	-22.8159	14.2105	11.3014
4	4.2191	3.2974	5.9284	5.411	4.3691	8.472	-0.3446	0.2831	0.1759	-0.6621	0.1798	0.2848	-0.4661	0.1431	0.2085	0.2314	0.0005	0.0393	0.2048	0.0465	0.1687	-27.8686	20.1163	2.7491
5	4.4566	-4.4265	-1.4656	4.6367	0.4736	4.5419	0.0521	-0.0745	0.8473	-0.2838	-0.1033	-0.2435	-0.7582	0.1752	-0.0706	0.2997	-0.0013	-0.0295	0.1973	-0.0835	0.3981	-25.0376	35.7873	15.0069
6	3.1935	-0.863	0.22	4.0523	-1.8316	5.0426	0.077	-0.2124	0.3469	-0.1421	-0.134	0.1366	-0.1855	-0.1338	0.0331	0.126	0.0093	0.0117	0.1179	-0.0401	0.1837	-30.6329	27.465	16.4295
7	2.087	-0.036	-3.056	3.1301	0.6244	4.9154	-0.0055	-0.2317	-0.3812	0.101	-0.0531	-0.1386	0.0205	0.2126	0.0325	0.1254	-0.0102	-0.0377	0.3205	0.0182	0.1566	-8.7737	18.0306	27.6179
8	3.2044	-0.2318	1.5171	1.0441	0.3419	2.3552	-0.108	-0.6204	0.7787	0.1388	0.0334	-0.1245	-0.1838	0.0817	0.0804	0.2276	-0.0427	0.0207	0.2353	-0.065	0.2394	-15.4371	28.7024	27.4172
9	7.3254	-1.0328	5.5586	0.683	-0.7303	4.3583	0.055	-0.3603	-0.0721	0.1819	0.0505	-0.0816	-0.1016	-0.1893	-0.1558	0.2804	0.0067	0.0496	0.4626	-0.1082	0.2327	-15.0657	24.0785	41.009
10	1.8435	0.5488	-0.081	1.2108	-1.0395	1.7225	0.098	0.4241	-0.6673	-0.4492	0.0165	-0.4069	0.5723	0.1252	-0.0148	0.4067	0.0889	-0.0424	0.2781	-0.1264	0.337	3.0173	-0.4699	-23.4771
11	3.5399	-1.3244	-3.2813	4.9057	-1.4323	4.6485	0.0645	-0.302	-0.2752	0.4463	-0.0119	-0.3155	0.2423	0.6493	-0.0876	0.3278	0.0876	-0.0976	0.2269	-0.057	0.3766	6.7629	2.955	-15.417
12	5.3893	-2.4917	1.9759	2.746	-1.1474	2.8023	0.0866	-0.1361	-0.6102	0.195	0.2518	0.038	0.4479	-0.0244	-0.2539	0.2266	-0.0125	-0.035	0.0973	-0.0023	0.2108	-6.798	4.538	-12.9869
13	3.8076	-0.1952	-0.2758	2.2134	0.4208	2.7184	0.0611	-0.1195	0.1265	0.1432	0.0459	-0.0041	-0.0786	-0.0092	-0.102	0.1414	0.0082	-0.0131	0.071	0.0201	0.1053	-4.5284	16.0449	-13.6735
14	2.4458	-0.1475	0.3622	1.2581	0.0681	1.3712	0.1959	-0.2277	-0.1777	0.248	-0.0706	-0.1629	0.3794	0.2733	-0.1118	0.2461	0.0265	-0.0567	0.1959	-0.0106	0.1549	3.1086	14.4687	-3.4346
15	4.0155	0.8388	0.6904	2.8288	0.4688	3.0678	-0.0044	0.1998	0.3782	-0.1566	0.1347	-0.1042	-0.4122	0.0752	-0.1223	0.2175	0.0031	0.0132	0.1346	0.0124	0.17	2.6923	27.4494	-20.2003
16	4.8319	-1.0878	-4.0711	3.0277	0.7101	5.3534	0.0381	0.1353	-0.307	-0.0688	-0.0503	0.3554	0.3122	-0.1017	-0.0416	0.1748	-0.0158	-0.0893	0.3236	-0.0055	0.1701	-19.9466	15.5777	-26.8608
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35	3.3101	-1.9545	-3.8668	4.016	1.9299	5.1834	0.1918	-0.4446	-0.4252	0.2162	-0.0155	-0.0404	0.3453	0.5142	-0.1318	0.221	0.0384	-0.082	0.4051	0.0626	0.2044	-34.8792	13.5472	-57.1179
36	2.5941	-1.2624	0.463	2.2053	-0.064	1.9134	-0.0178	-0.2469	0.0832	0.1357	0.0385	-0.1096	-0.0244	0.3339	-0.0433	0.1815	-0.0157	0.0017	0.3279	0.0291	0.1484	-38.2993	24.8438	-59.0033
37	6.5599	-2.5669	4.3044	2.1141	-1.1469	4.274	0.0057	-0.7821	0.0915	0.2884	0.1354	-0.0788	0.0999	-0.3801	-0.0802	0.2708	-0.0027	0.0038	0.3381	0.0429	0.1647	-38.4848	21.4693	-44.9742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 579:611)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 612:635)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 636:750)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 751:768)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 769:786)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 787:815)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 816:840)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 841:878)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 879:916)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 580:611)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 612:635)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 636:657)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 658:738)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 739:768)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 769:815)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 816:840)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 841:878)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 879:915)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 591:611)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 612:635)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 636:657)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 658:750)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resseq 751:768)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resseq 769:815)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resseq 816:839)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resseq 840:878)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resseq 879:915)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 590:611)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 612:675)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 676:695)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 696:738)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resseq 739:768)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resseq 769:786)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resseq 787:815)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resseq 816:839)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resseq 840:878)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resseq 879:916)

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関連情報:EMDBヘッダ

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