PDB-4htq: Mitigation of X-ray damage in macromolecular crystallography by s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4htq

タイトル

Mitigation of X-ray damage in macromolecular crystallography by submicrometer line focusing; total dose 6.70 x 10e+11 X-ray photons

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / O-GLYCOSYL / GLYCOSIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.399 Å

データ登録者

Duke, N.E.C. / Finfrock, Y.Z. / Stern, E.Z. / Alkire, R.W. / Lazarski, K. / Joachimiak, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Mitigation of X-ray damage in macromolecular crystallography by submicrometre line focusing.
著者: Finfrock, Y.Z. / Stern, E.A. / Alkire, R.W. / Kas, J.J. / Evans-Lutterodt, K. / Stein, A. / Duke, N. / Lazarski, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4htq.cif.gz	77.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4htq.ent.gz	55.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4htq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4htq_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4htq_full_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示
XML形式データ	4htq_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	4htq_validation.cif.gz	14.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4htq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4htq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4htkC 4htnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3az7-d 3agg-d 2x0a-d 4htn-d 5b06-d 3lz2-d 4rds-d 5o6q-d 1lzt-d 1lsa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.922, 78.922, 36.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-428- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.73 詳細: 0.100M sodium acetate, pH 4.73, 5% sodium chloride (w/v), 25% ethylene glycol (v/v), micro-seeded, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.66658 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月28日

放射

モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.66658 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.1 % / Av σ(I) over netI: 25.42 / 数: 166448 / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 0.96 / D res high: 1.4 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 23422 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.79	100	98	1	0.026	0.834	6.1
3.8	4.79	100	1	0.025	0.854	6.8
3.32	3.8	100	1	0.027	0.929	6.9
3.02	3.32	99.8	1	0.032	0.979	7.1
2.8	3.02	99.5	1	0.038	1.05	7
2.63	2.8	100	1	0.045	1.059	6.8
2.5	2.63	99.8	1	0.051	1.025	6.9
2.39	2.5	99.7	1	0.054	1.09	6.7
2.3	2.39	99.5	1	0.059	1.113	6.8
2.22	2.3	100	1	0.064	1.156	6.8
2.15	2.22	99.5	1	0.071	1.217	7
2.09	2.15	100	1	0.077	1.244	7
2.04	2.09	99.1	1	0.089	1.276	7.1
1.99	2.04	100	1	0.093	1.229	7
1.94	1.99	100	1	0.105	1.149	7.2
1.9	1.94	98.8	1	0.12	1.153	7
1.86	1.9	100	1	0.124	1.113	7.2
1.83	1.86	98.7	1	0.153	1.098	7.1
1.79	1.83	100	1	0.159	1.022	7.1
1.76	1.79	100	1	0.168	0.99	7.3
1.74	1.76	98.1	1	0.188	0.96	7.2
1.71	1.74	100	1	0.196	0.94	7.2
1.68	1.71	100	1	0.223	0.973	7.3
1.66	1.68	97.8	1	0.232	0.954	7.3
1.64	1.66	100	1	0.234	0.936	7.2
1.62	1.64	100	1	0.244	0.92	7.3
1.6	1.62	97.8	1	0.263	0.893	7.4
1.58	1.6	99.3	1	0.282	0.867	7.1
1.56	1.58	100	1	0.299	0.819	7.3
1.54	1.56	100	1	0.311	0.826	7.2
1.52	1.54	96.5	1	0.361	0.815	7.4
1.51	1.52	100	1	0.347	0.831	7.2
1.49	1.51	100	1	0.371	0.796	7.3
1.48	1.49	100	1	0.385	0.798	7.3
1.46	1.48	96.2	1	0.426	0.787	7.4
1.45	1.46	99.5	1	0.439	0.77	7.2
1.44	1.45	100	1	0.456	0.826	7.3
1.42	1.44	100	1	0.502	0.77	7.4
1.41	1.42	97.3	1	0.568	0.748	7.4
1.4	1.41	97.2	1	0.539	0.725	7.2

反射

解像度: 1.4→100 Å / Num. obs: 23422 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 0.962 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.4-1.41	7.2	0.539	555	0.725	1	97.2
1.41-1.42	7.4	0.568	569	0.748	1	97.3
1.42-1.44	7.4	0.502	575	0.77	1	100
1.44-1.45	7.3	0.456	568	0.826	1	100
1.45-1.46	7.2	0.439	574	0.77	1	99.5
1.46-1.48	7.4	0.426	581	0.787	1	96.2
1.48-1.49	7.3	0.385	554	0.798	1	100
1.49-1.51	7.3	0.371	584	0.796	1	100
1.51-1.52	7.2	0.347	567	0.831	1	100
1.52-1.54	7.4	0.361	571	0.815	1	96.5
1.54-1.56	7.2	0.311	569	0.826	1	100
1.56-1.58	7.3	0.299	575	0.819	1	100
1.58-1.6	7.1	0.282	586	0.867	1	99.3
1.6-1.62	7.4	0.263	568	0.893	1	97.8
1.62-1.64	7.3	0.244	578	0.92	1	100
1.64-1.66	7.2	0.234	574	0.936	1	100
1.66-1.68	7.3	0.232	570	0.954	1	97.8
1.68-1.71	7.3	0.223	593	0.973	1	100
1.71-1.74	7.2	0.196	570	0.94	1	100
1.74-1.76	7.2	0.188	576	0.96	1	98.1
1.76-1.79	7.3	0.168	575	0.99	1	100
1.79-1.83	7.1	0.159	584	1.022	1	100
1.83-1.86	7.1	0.153	602	1.098	1	98.7
1.86-1.9	7.2	0.124	560	1.113	1	100
1.9-1.94	7	0.12	599	1.153	1	98.8
1.94-1.99	7.2	0.105	571	1.149	1	100
1.99-2.04	7	0.093	593	1.229	1	100
2.04-2.09	7.1	0.089	574	1.276	1	99.1
2.09-2.15	7	0.077	599	1.244	1	100
2.15-2.22	7	0.071	579	1.217	1	99.5
2.22-2.3	6.8	0.064	605	1.156	1	100
2.3-2.39	6.8	0.059	582	1.113	1	99.5
2.39-2.5	6.7	0.054	608	1.09	1	99.7
2.5-2.63	6.9	0.051	602	1.025	1	99.8
2.63-2.8	6.8	0.045	592	1.059	1	100
2.8-3.02	7	0.038	595	1.05	1	99.5
3.02-3.32	7.1	0.032	608	0.979	1	99.8
3.32-3.8	6.9	0.027	621	0.929	1	100
3.8-4.79	6.8	0.025	634	0.854	1	100
4.79-100	6.1	0.026	682	0.834	1	98

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SBC-Collect		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.399→27.903 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / FOM work R set: 0.9291 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.163	1206	5.16 %
R_work	0.1304	22182	-
obs	0.1321	23388	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.443 Å² / k_sol: 0.353 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 38.48 Å² / B_iso mean: 12.8287 Å² / B_iso min: 4.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4614 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.4614 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.9227 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.399→27.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	21	175	1197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1128
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.984	1529
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	159
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	201
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.445	434

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3995-1.4555	0.2133	137	0.1405	2390	2527	99
1.4555-1.5218	0.1777	142	0.1236	2400	2542	99
1.5218-1.602	0.1711	129	0.115	2398	2527	99
1.602-1.7023	0.1921	131	0.1097	2433	2564	99
1.7023-1.8337	0.1981	133	0.1187	2450	2583	100
1.8337-2.0182	0.1489	135	0.1152	2452	2587	100
2.0182-2.3102	0.1428	145	0.1159	2472	2617	100
2.3102-2.9101	0.1671	123	0.1356	2522	2645	100
2.9101-27.9087	0.148	131	0.1503	2665	2796	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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試料調製

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データ収集

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)