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万見
- PDB-4hta: The structure of the karrikin insensitive (KAI2) protein in Arabi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hta
タイトルThe structure of the karrikin insensitive (KAI2) protein in Arabidopsis thaliana
要素Hydrolase, alpha/beta fold family protein
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


de-etiolation / response to karrikin / photomorphogenesis / hydrolase activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Probable esterase KAI2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Bythell-Douglas, R. / Waters, M.T. / Scaffidi, A. / Flematti, G.R. / Smith, S.M. / Bond, C.S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: The Structure of the Karrikin-Insensitive Protein (KAI2) in Arabidopsis thaliana
著者: Bythell-Douglas, R. / Waters, M.T. / Scaffidi, A. / Flematti, G.R. / Smith, S.M. / Bond, C.S.
履歴
登録2012年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrolase, alpha/beta fold family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5287
ポリマ－31,9721
非ポリマー5556
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.385, 66.064, 77.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hydrolase, alpha/beta fold family protein / Karrikin-insensitive 2 / KAI2 / Putative uncharacterized protein AT4g37470 / Putative ...Karrikin-insensitive 2 / KAI2 / Putative uncharacterized protein AT4g37470 / Putative uncharacterized protein At4g37470 / Putative uncharacterized protein F6G17.120


分子量: 31972.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: F6G17.120, AT4G37470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SZU7
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.5M sodium potassium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9539 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9539 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.901→77.62 Å / Num. all: 26147 / Num. obs: 26147 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 20.58 Å2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.901→50.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9531 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9479 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.122 / SU Rfree Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.101 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 1324 5.07 %RANDOM
Rwork0.1552 ---
all0.1562 26093 --
obs0.1562 26093 99.11 %-
原子変位パラメータBiso max: 92.78 Å2 / Biso mean: 22.48 Å2 / Biso min: 3.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3796 Å20 Å20 Å2
2--2.8596 Å20 Å2
3----3.2392 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.159 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→50.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2106 0 35 266 2407
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d736SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes56HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes313HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2187HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion277SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2788SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2187HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2968HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.45
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 125 4.67 %
Rwork0.1827 2552 -
all0.1846 2677 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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