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万見
- PDB-4hss: Structure of the Full-Length Major Pilin SpaD from Corynebacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hss
タイトルStructure of the Full-Length Major Pilin SpaD from Corynebacterium diphtheriae
要素Putative fimbrial subunit
キーワードCELL ADHESION / CnaA/CnaB folded domains / Major pilin polymer / Homopolymer / Isopeptide bonding between Lys and Asn sidechains
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate metabolic process / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sgo0707-like, N2 domain / Sgo0707 N2 domain / : / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Immunoglobulin-like - #740 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...Sgo0707-like, N2 domain / Sgo0707 N2 domain / : / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Immunoglobulin-like - #740 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Paterson, N.G. / Kang, H.J. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A slow-forming isopeptide bond in the structure of the major pilin SpaD from Corynebacterium diphtheriae has implications for pilus assembly.
著者: Kang, H.J. / Paterson, N.G. / Kim, C.U. / Middleditch, M. / Chang, C. / Ton-That, H. / Baker, E.N.
履歴
登録2012年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22014年6月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative fimbrial subunit
B: Putative fimbrial subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3234
ポリマ－94,2432
非ポリマー802
水5,044280
1
A: Putative fimbrial subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1622
ポリマ－47,1221
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative fimbrial subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1622
ポリマ－47,1221
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.828, 56.791, 435.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細SpaD subunits covalently linked by sortase-catalysed isopeptide bond between C-terminal sortase motif Thr carboxyl and epsilon amino group of Lys 179 in D1 of next monomer. Chains A and B are arranged in the predicted polymer orientation and this continues throughout the crystal via symmetry operations.

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要素

#1: タンパク質 Putative fimbrial subunit


分子量: 47121.578 Da / 分子数: 2 / 断片: Domains D1-D3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP0235 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q6NK05
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% PEG 600, 0.2M imidazole-malate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月5日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.06 Å / Num. all: 27956 / Num. obs: 27956 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 55.39 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 4066 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HSQ

4hsq


解像度: 2.5→28.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9073 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8776 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1405 5.03 %RANDOM
Rwork0.1873 ---
all0.1904 27924 --
obs0.1904 27924 --
原子変位パラメータBiso mean: 53.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.4399 Å20 Å20 Å2
2---5.0054 Å20 Å2
3---21.4454 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.311 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6209 0 2 280 6491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016314HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.238533HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2988SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes187HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes892HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6314HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion860SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6844SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3726 119 4.1 %
Rwork0.2374 2783 -
all0.2429 2902 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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