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万見
- PDB-4hrw: Identification of function and Mechanistic insights of Guanine de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hrw
タイトルIdentification of function and Mechanistic insights of Guanine deaminase from Nitrosomonas europaea
要素Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region
キーワードHYDROLASE / Cytidine deaminase fold / guanine deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine deaminase activity / purine nucleoside catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-AMINO-1H-[1,2,3]TRIAZOLO[4,5-D]PYRIMIDIN-7-OL / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Anand, R. / Bitra, A. / Bhukya, H. / Tanwar, A.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Identification of function and mechanistic insights of guanine deaminase from Nitrosomonas europaea: role of the C-terminal loop in catalysis
著者: Bitra, A. / Hussain, B. / Tanwar, A.S. / Anand, R.
履歴
登録2012年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region
B: Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3405
ポリマ－41,0572
非ポリマー2833
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.110, 73.250, 109.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region


分子量: 20528.426 Da / 分子数: 2 / 変異: E79A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea (バクテリア)
株: ATCC 19718 / NBRC 14298 / 遺伝子: NE0047 / プラスミド: pET 22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q82Y41
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AZG / 5-AMINO-1H-[1,2,3]TRIAZOLO[4,5-D]PYRIMIDIN-7-OL / 8-AZAGUANINE / 8-アザグアニン


分子量: 152.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N6O / コメント: 抗腫瘍剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.1 % / Mosaicity: 1.173 °
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M MgCl2, 25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 12160 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 1.408 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.43-2.537.50.29911931.11199.6
2.53-2.637.70.28211731.1291100
2.63-2.757.80.22512001.1971100
2.75-2.897.90.18811851.1951100
2.89-3.077.80.15512061.298199.9
3.07-3.317.80.12712041.454199.9
3.31-3.647.70.10312021.667199.9
3.64-4.177.60.08512281.697199.3
4.17-5.257.40.06912181.577197.8
5.25-507.20.06313121.743198.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G84

2g84


解像度: 2.43→36 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2615 1253 10.3 %
Rwork0.2062 10829 -
obs-12082 99.4 %
溶媒の処理Bsol: 46.2972 Å2
原子変位パラメータBiso max: 98.94 Å2 / Biso mean: 23.4199 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.74 Å2-0 Å20 Å2
2--10.824 Å20 Å2
3----5.084 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2705 0 13 76 2794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0059
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.19
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3aza.param
X-RAY DIFFRACTION4water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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