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- PDB-4hrt: Scapharca tetrameric hemoglobin, unliganded -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hrt
タイトルScapharca tetrameric hemoglobin, unliganded
要素
  • Globin-2 A chain
  • Hemoglobin B chain
キーワードOXYGEN TRANSPORT / hemoglobin / globin fold / oxygen
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Hemoglobin B chain / Globin-2 A chain / Globin-2 B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Scapharca inaequivalvis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Royer, W.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Tertiary and Quaternary Allostery in Tetrameric Hemoglobin from Scapharca inaequivalvis.
著者: Ronda, L. / Bettati, S. / Henry, E.R. / Kashav, T. / Sanders, J.M. / Royer, W.E. / Mozzarelli, A.
履歴
登録2012年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22014年1月8日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Globin-2 A chain
B: Hemoglobin B chain
C: Globin-2 A chain
D: Hemoglobin B chain
E: Globin-2 A chain
F: Hemoglobin B chain
G: Globin-2 A chain
H: Hemoglobin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,54917
ポリマ－130,5228
非ポリマー5,0279
水35,0391945
1
A: Globin-2 A chain
B: Hemoglobin B chain
C: Globin-2 A chain
D: Hemoglobin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7278
ポリマ－65,2614
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12210 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area23330 Å2
手法PISA
2
E: Globin-2 A chain
F: Hemoglobin B chain
G: Globin-2 A chain
H: Hemoglobin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8229
ポリマ－65,2614
非ポリマー2,5615
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.353, 100.958, 127.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-427-

HOH

21C-401-

HOH

31D-472-

HOH

41E-393-

HOH

51G-510-

HOH

61H-387-

HOH

71H-456-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Globin-2 A chain / Globin II A chain / HBII-A


分子量: 16153.610 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood clam / 由来: (天然) Scapharca inaequivalvis (無脊椎動物) / 株: Scapharca inaequivalvis / 参照: UniProt: P14821
#2: タンパク質
Hemoglobin B chain


分子量: 16476.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood clam / 由来: (天然) Scapharca inaequivalvis (無脊椎動物) / 株: Scapharca inaequivalvis / 参照: UniProt: O02480, UniProt: P14822*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1945 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: small tubes / pH: 5.8
詳細: 1.9-2.2 Na/K Phosphate, pH 5.8, SMALL TUBES, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 197685 / Num. obs: 197685 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 13.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HRR

4hrr


解像度: 1.46→30.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.194 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17492 9800 5 %RANDOM
Rwork0.13316 ---
obs0.13525 187067 92.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.204 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→30.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9108 0 349 1945 11402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0199934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2832.01313611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.23651277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.70824.201407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.955151708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7331567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.21527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.24239933
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.4965359
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.022511288
LS精密化 シェル解像度: 1.456→1.494 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 640 -
Rwork0.15 11566 -
obs--78.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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