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- PDB-4hqp: Alpha7 nicotinic receptor chimera and its complex with Alpha bung... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hqp
タイトルAlpha7 nicotinic receptor chimera and its complex with Alpha bungarotoxin
要素
  • Alpha-bungarotoxin isoform V31
  • Alpha7 nicotinic receptor chimera
キーワードPROTEIN BINDING / Protein-protein Complex / nicotinic receptor / Membrane / nAChR / a-bungarotoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / synaptic cleft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / postsynapse / neuron projection / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Snake toxin and toxin-like protein / Snake three-finger toxin / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain ...Snake toxin and toxin-like protein / Snake three-finger toxin / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Snake toxin-like superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Ribbon / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholine-binding protein / Alpha-bungarotoxin isoform V31
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Li, S.X. / Cheng, K. / Gomoto, R. / Bren, N. / Huang, S. / Sine, S. / Chen, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural principles for Alpha-neurotoxin binding to and selectivity among nicotinic receptors
著者: Li, S.X. / Cheng, K. / Gomoto, R. / Bren, N. / Huang, S. / Sine, S. / Chen, L.
履歴
登録2012年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha7 nicotinic receptor chimera
B: Alpha7 nicotinic receptor chimera
C: Alpha7 nicotinic receptor chimera
D: Alpha7 nicotinic receptor chimera
E: Alpha7 nicotinic receptor chimera
F: Alpha-bungarotoxin isoform V31
G: Alpha-bungarotoxin isoform V31
H: Alpha-bungarotoxin isoform V31
I: Alpha-bungarotoxin isoform V31
J: Alpha-bungarotoxin isoform V31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,45617
ポリマ－156,70410
非ポリマー1,7527
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23960 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area59020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.150, 142.150, 518.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質
Alpha7 nicotinic receptor chimera


分子量: 23364.502 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens, Lymnaea stagnalis / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P58154*PLUS
#2: タンパク質
Alpha-bungarotoxin isoform V31 / Alpha-BTX V31 / Alpha-Bgt(V31) / BGTX V31 / Long neurotoxin 1


分子量: 7976.282 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
器官: venom / 参照: UniProt: P60616
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
配列の詳細CHIMERIC PROTEIN BASED ON UNP ENTRIES P58154, P36544

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.49 %

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.111
シンクロトロンAPS 23-ID-B21
シンクロトロンAPS 21-ID-D31
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 315r1CCD
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD
MARMOSAIC 300 mm CCD3CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
3x-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→45.8 Å / Num. obs: 38979

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.3 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.51→45.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 8459685.27 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.321 3912 10 %RANDOM
Rwork0.311 ---
obs0.311 38979 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 106.173 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 159.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.74 Å20 Å20 Å2
2--22.74 Å20 Å2
3----45.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.69 Å0.67 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.18 Å1.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10980 0 112 0 11092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.412.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 592 10.3 %
Rwork0.433 5142 -
obs--87.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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