PDB-4hqm: The crystal structure of QsrR-menadione complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hqm

タイトル

The crystal structure of QsrR-menadione complex

要素

QsrR protein

キーワード

TRANSCRIPTION regulator / menadione-modified protein / DNA

機能・相同性

Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 2-methylnaphthalene-1,4-diol / :

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Ji, Q. / Zhang, L. / Jones, M.B. / Sun, F. / Deng, X. / Liang, H. / Brugarolas, P. / Gao, N. / Peterson, S.N. / Lan, L. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Molecular mechanism of quinone signaling mediated through S-quinonization of a YodB family repressor QsrR.
著者: Ji, Q. / Zhang, L. / Jones, M.B. / Sun, F. / Deng, X. / Liang, H. / Cho, H. / Brugarolas, P. / Gao, Y.N. / Peterson, S.N. / Lan, L. / Bae, T. / He, C.

履歴

登録	2012年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hqm.cif.gz	49.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hqm.ent.gz	39.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hqm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hqm_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hqm_full_validation.pdf.gz	463.8 KB	表示
XML形式データ	4hqm_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	4hqm_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/4hqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/4hqm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4hqeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2is9-d 5zhc-d 5zhv-d 3f72-1 6py3-2 2jsw-d 5e5m-1 3w69-d 4s10-1 5zi8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: QsrR protein

B: QsrR protein

ヘテロ分子

26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.758, 124.758, 30.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	QsrR protein 分子量: 13071.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3FJN1
#2: 化合物	ChemComp-17Z / 2-methylnaphthalene-1,4-diol / Menadione, bound form / メナジオ-ル分子量: 174.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₀O₂
配列の詳細	THE AUTHOR STATES THAT THE RESIDUES AT POSITIONS 30 AND 33 ARE CONSISTENT WITH SER.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris.HCl, pH 8.5, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→20 Å / Num. obs: 8886

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→19.405 Å / SU ML: 0.99 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2962	418	4.7 %
R_work	0.284	-	-
obs	0.2846	8886	96.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.476 Å² / k_sol: 0.311 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0973 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.0973 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1946 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→19.405 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1595	0	26	0	1621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.021	1659
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.545	2256
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.843	606
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.186	256
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.025	273

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5498-2.9177	0.4652	147	0.4071	2809	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9177-3.672	0.356	135	0.3396	2839	X-RAY DIFFRACTION	98
3.672-19.4058	0.2476	136	0.2453	2820	X-RAY DIFFRACTION	94

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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