PDB-4hpz: Crystal structure of a TALE protein reveals an extended N-termina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hpz

タイトル

Crystal structure of a TALE protein reveals an extended N-terminal DNA binding region

要素

dTale2

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / N-TERMINAL DOMAIN / TAL EFFECTOR

機能・相同性

TAL effector repeat / TAL effector repeat / host cell nucleus / extracellular region / dTale2

機能・相同性情報

生物種

Xanthomonas (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.202 Å

データ登録者

Chai, J. / Han, Z. / Gao, H.

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of a TALE protein reveals an extended N-terminal DNA binding region
著者: Gao, H. / Wu, X. / Chai, J. / Han, Z.

履歴

登録	2012年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月16日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hpz.cif.gz	172.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hpz.ent.gz	136.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hpz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hpz_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hpz_full_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示
XML形式データ	4hpz_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	4hpz_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/4hpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/4hpz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v6pS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xpk-1 6d48-d 2qcz-2 4pzo-d 2qcz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (3)

登録構造単位

A: dTale2

ヘテロ分子

48.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.284, 101.284, 95.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-914- HOH

#1: タンパク質	dTale2 分子量: 48280.113 Da / 分子数: 1 / 断片: dTale2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas (バクテリア) / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L7MTL1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS HIGHLY-CONSERVED ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS HIGHLY-CONSERVED PROTEIN WAS CONSTRUCTED BASED ON AvrBs3.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.05M MgSO4, 0.05M HEPES, 1.6M Li2SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月27日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→15 Å / Num. all: 29024 / Num. obs: 29024 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.069
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / % possible all: 85.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_596)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V6P

3v6p

解像度: 2.202→14.975 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2428	1468	5.07 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
all	0.2079	29024	-	-
obs	0.2079	28963	99.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.732 Å² / k_sol: 0.392 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.787 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.787 Å²	0 Å²
3-	-	-	-15.5741 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.202→14.975 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3171	0	15	160	3346

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3235
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.184	4416
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.364	1173
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	537
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	582

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.202-2.2803	0.2998	131	0.2278	2716
2.2803-2.3713	0.294	150	0.2312	2710
2.3713-2.4788	0.3349	166	0.2368	2681
2.4788-2.6088	0.2846	158	0.2365	2705
2.6088-2.7713	0.2853	148	0.2288	2738
2.7713-2.9837	0.2666	149	0.2236	2745
2.9837-3.2811	0.2343	146	0.231	2736
3.2811-3.7494	0.2535	140	0.2038	2778
3.7494-4.6995	0.1898	133	0.1702	2797
4.6995-14.9749	0.2126	147	0.1916	2889

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.7169 Å / Origin y: 55.0361 Å / Origin z: -25.2695 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1506 Å²	0.0798 Å²	-0.0368 Å²	-	0.2138 Å²	0.0033 Å²	-	-	0.2156 Å²
L	0.1514 °²	0.254 °²	0.0274 °²	-	0.0643 °²	0.0561 °²	-	-	0.4933 °²
S	0.0634 Å °	0.0592 Å °	-0.0352 Å °	-0.0131 Å °	-0.037 Å °	0.0015 Å °	0.0731 Å °	0.0537 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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