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- PDB-4hpn: Crystal structure of a proposed galactarolactone cycloisomerase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hpn
タイトルCrystal structure of a proposed galactarolactone cycloisomerase from Agrobacterium Tumefaciens, target EFI-500704, with bound Ca, ordered loops
要素Putative uncharacterized protein
キーワードISOMERASE / ENOLASE / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


D-galactarolactone cycloisomerase / amino acid catabolic process / hydro-lyase activity / isomerase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
D-galactarolactone cycloisomerase / : / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...D-galactarolactone cycloisomerase / : / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / NICKEL (II) ION / D-galactarolactone cycloisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Bouvier, J.T. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Purification, crystallization and structural elucidation of D-galactaro-1,4-lactone cycloisomerase from Agrobacterium tumefaciens involved in pectin degradation.
著者: Vetting, M.W. / Bouvier, J.T. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7125
ポリマ－41,5041
非ポリマー2084
水8,629479
1
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,69740
ポリマ－332,0338
非ポリマー1,66332
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area34270 Å2
ΔGint-307 kcal/mol
Surface area89090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.145, 121.145, 128.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-525-

HOH

21A-704-

HOH

31A-810-

HOH

41A-885-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 41504.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu3139 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CEQ8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein (10 mM Tris, pH 7.9, 150 mM NaCl, 50 mM MgCl), Reservoir (0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M Imidazole:HCl, pH 8.0, 10% (w/v) PEG 8000), Cryoprotection (Reservoir + 20% glycerol), VAPOR ...詳細: Protein (10 mM Tris, pH 7.9, 150 mM NaCl, 50 mM MgCl), Reservoir (0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M Imidazole:HCl, pH 8.0, 10% (w/v) PEG 8000), Cryoprotection (Reservoir + 20% glycerol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→88.131 Å / Num. all: 62863 / Num. obs: 62863 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.6-1.6914.50.8990.913159790780.899100
1.69-1.7914.50.631.212476585990.63100
1.79-1.9114.50.4261.811757180840.426100
1.91-2.0714.60.257311010475390.257100
2.07-2.2614.70.1933.810255369620.193100
2.26-2.5314.80.1624.39349963210.162100
2.53-2.9214.80.1265.38300256050.126100
2.92-3.5814.80.0738.67060347850.073100
3.58-5.0614.60.04215.15468237460.042100
5.06-25.69313.80.04114.32962721440.04199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4GGB

4ggb


解像度: 1.6→25.693 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.9199 / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 14.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1609 3190 5.08 %RANDOM
Rwork0.1379 ---
all0.1391 62856 --
obs0.1391 62856 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.32 Å2 / Biso mean: 15.9161 Å2 / Biso min: 6.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→25.693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2917 0 8 479 3404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.023057
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6744183
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4771116
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.6-1.62390.24581580.225532711
1.6239-1.64920.1841290.18625542683
1.6492-1.67630.2171250.171425682693
1.6763-1.70520.18431390.165925732712
1.7052-1.73620.17411210.159425592680
1.7362-1.76960.1831360.157825682704
1.7696-1.80570.18131220.144626022724
1.8057-1.84490.17141360.146825582694
1.8449-1.88780.16521510.146325612712
1.8878-1.9350.21711370.164525632700
1.935-1.98730.15941620.141525632725
1.9873-2.04580.18041500.128925442694
2.0458-2.11180.17421370.130125822719
2.1118-2.18720.17451230.129326112734
2.1872-2.27470.16851510.148725732724
2.2747-2.37820.14011270.134226172744
2.3782-2.50350.15571200.131325852705
2.5035-2.66020.1721600.132625872747
2.6602-2.86530.15641420.138226022744
2.8653-3.15320.13611470.129326402787
3.1532-3.60840.12611410.126226302771
3.6084-4.54220.15181350.118726692804
4.5422-25.69590.14481410.13628042945
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3642-0.1634-0.26870.82550.55121.05880.0081-0.1318-0.0702-0.01720.01290.0107-0.06160.0345-0.00470.1501-0.05870.02270.19650.02160.170933.419726.614612.7616
20.4611-0.17760.24121.17120.70621.0205-0.0731-0.0308-0.211-0.00440.02130.04910.1752-0.10150.03250.1456-0.04890.0360.09230.00690.151639.83119.78265.9686
30.5054-0.16050.02790.5787-0.17070.3446-0.00920.0751-0.1096-0.064-0.010.00350.1017-0.040.01880.1189-0.02280.01170.0885-0.00350.10844.670425.8074-3.1288
40.3995-0.0316-0.05110.21180.07760.4639-0.0003-0.0448-0.05520.0248-0.00110.01210.0835-0.0789-0.02690.13-0.0020.01150.11780.03850.1450.596227.546519.3418
50.3954-0.2537-0.29260.58650.00790.2999-0.0722-0.0953-0.19240.1380.02880.08580.0604-0.04730.04610.1525-0.0050.02380.17110.04080.120744.028735.742631.8084
60.627-0.21330.1940.8358-0.41041.18760.0049-0.1873-0.01970.18190.01370.0245-0.04910.0015-0.01540.1384-0.01570.00880.14040.01290.084545.987343.940630.2092
70.46460.02420.14730.46930.06630.70630.01440.00750.02920.04810.0035-0.0249-0.02350.0361-0.01170.0914-0.01120.01070.08820.00660.086348.965849.034818.3873
80.28780.0210.04960.23380.12650.2084-0.003-0.0181-0.04310.0177-0.0005-0.00450.04990.00170.00330.0986-0.00340.00870.08840.01210.100955.6434.295410.4919
91.05430.27840.40470.07730.08190.31850.0553-0.2455-0.06660.1206-0.0897-0.01510.2272-0.15660.02680.1642-0.02410.02230.14150.03350.171244.923721.633523.0089
102.06140.2383-0.52151.02030.25710.68180.00880.0429-0.3615-0.0421-0.01730.13440.1919-0.20620.0050.1936-0.06050.0220.14490.04250.190438.562215.56112.2976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:27)A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 28:51)A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 52:113)A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 114:143)A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 144:170)A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 171:200)A0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 201:249)A0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 250:327)A0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 328:354)A0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESID 355:378)A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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