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- PDB-4hpd: Crystal structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus Complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hpd
タイトルCrystal structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus Complexed with homocysteine at pH 7.4
要素Nitrophorin-4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HEME / Lipocalin / Nitrophorin / metal binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrophorin / Nitrophorin domain / Nitrophorin / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitrophorin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodnius prolixus (カメムシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Nishikawa, K. / Ogata, H. / Knipp, M.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2013
タイトル: Complexes of ferriheme nitrophorin 4 with low-molecular weight thiol(ate)s occurring in blood plasma
著者: He, C. / Nishikawa, K. / Erdem, O.F. / Reijerse, E. / Ogata, H. / Lubitz, W. / Knipp, M.
履歴
登録2012年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年3月6日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrophorin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0443
ポリマ－20,2931
非ポリマー7522
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.082, 42.982, 52.321
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-364-

HOH

21A-399-

HOH

31A-458-

HOH

41A-468-

HOH

51A-503-

HOH

61A-507-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nitrophorin-4 / NP4


分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: PET17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q94734
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-HCS / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / L-Homocysteine / ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 135.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 3.2M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月23日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→29.5 Å / Num. obs: 38103 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 12.02 Å2
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MVF

3mvf


解像度: 1.3→19.873 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.9084 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 15.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1787 1905 5 %RANDOM
Rwork0.1447 ---
all0.1464 38097 --
obs0.1464 38097 99.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.592 Å2 / ksol: 0.431 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 48.43 Å2 / Biso mean: 17.5758 Å2 / Biso min: 5.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5263 Å2-0 Å2-0.3066 Å2
2---0.3591 Å2-0 Å2
3----0.1672 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.873 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1428 0 51 215 1694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1812168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.443572
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005276
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.3-1.33250.30171280.2234242594
1.3325-1.36850.19081370.18352608100
1.3685-1.40880.22641350.15612568100
1.4088-1.45420.2151360.15672574100
1.4542-1.50620.18331360.13392577100
1.5062-1.56650.1821350.11882568100
1.5665-1.63780.16591370.12182608100
1.6378-1.72410.16211360.12152581100
1.7241-1.8320.17371360.11732583100
1.832-1.97330.18481370.1232608100
1.9733-2.17170.15521370.12732609100
2.1717-2.48540.16691370.13692596100
2.4854-3.12940.19421380.15732616100
3.1294-19.87490.16691400.1601267199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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