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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hpa | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus Complexed with sulfide ion at pH 7.4 | ||||||
要素 | Nitrophorin-4 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / HEME (ヘム) / Lipocalin / Nitrophorin / metal binding protein / sulfide (硫化物) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodnius prolixus (カメムシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Nishikawa, K. / Ogata, H. / Knipp, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2013 タイトル: Complexes of ferriheme nitrophorin 4 with low-molecular weight thiol(ate)s occurring in blood plasma 著者: He, C. / Nishikawa, K. / Erdem, O.F. / Reijerse, E. / Ogata, H. / Lubitz, W. / Knipp, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hpa.cif.gz | 102.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hpa.ent.gz | 77.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hpa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/4hpa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/4hpa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: PET17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q94734 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-H2S / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.36 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 3.2M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月15日 |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30.5 Å / Num. obs: 24703 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 11.72 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.54 Å / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3MVF 解像度: 1.5→19.833 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / FOM work R set: 0.9014 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.7 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.639 Å2 / ksol: 0.475 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.75 Å2 / Biso mean: 16.614 Å2 / Biso min: 4.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.833 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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