PDB-4hoj: Crystal structure of glutathione transferase homolog from Neisser...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hoj

タイトル

Crystal structure of glutathione transferase homolog from Neisseria Gonorrhoeae, target EFI-501841, with bound glutathione

要素

RegF protein

キーワード

TRANSFERASE / GST / glutathione S-transferase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glutathione transferase homolog from Neisseria Gonorrhoeae, target EFI-501841, with bound glutathione
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / ...

履歴

登録	2012年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hoj.cif.gz	103.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hoj.ent.gz	77.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hoj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hoj_validation.pdf.gz	733.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hoj_full_validation.pdf.gz	733.9 KB	表示
XML形式データ	4hoj_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	4hoj_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/4hoj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/4hoj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yy7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mjx-d 1ab9-3 1vgc-3 6ep7-d 4qq7-d 5zc9-d 5u6m-2 6l90-d 6bk3-d 2ac7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-501841

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (9)

登録構造単位

A: RegF protein

ヘテロ分子

24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RegF protein

ヘテロ分子

A: RegF protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.876, 49.876, 160.236
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-441- HOH
2	1	A-562- HOH
3	1	A-636- HOH

#1: タンパク質	RegF protein 分子量: 24292.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: regF / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O33374
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.5, 100 mM NaCl), Reservoir (0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M Imidazole:HCl, pH 8.0, 10% (w/v) PEG 8000), Cryoprotection (reservoir + 20% diethylene glycol), vapor ...詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.5, 100 mM NaCl), Reservoir (0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M Imidazole:HCl, pH 8.0, 10% (w/v) PEG 8000), Cryoprotection (reservoir + 20% diethylene glycol), vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

結晶

マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.07 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.5, 100 mM NaCl), Reservoir (0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M Imidazole:HCl, pH 8.0, 10% (w/v) PEG 8000), Cryoprotection (reservoir + 20% diethylene glycol), vapor ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月13日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→160.236 Å / Num. obs: 46474 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.048 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 15.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.4-1.48	3.8	0.515	1.5	48016	12561	0.515	97.8
1.48-1.57	4	0.341	2.3	47624	11970	0.341	98.3
1.57-1.67	4.2	0.206	3.8	47318	11279	0.206	98.8
1.67-1.81	4.4	0.135	5.7	46209	10496	0.135	99.3
1.81-1.98	4.7	0.093	8	45508	9761	0.093	99.4
1.98-2.21	4.9	0.062	11.2	42863	8793	0.062	99.5
2.21-2.56	5.2	0.049	13.4	39791	7722	0.049	99.6
2.56-3.13	5.5	0.039	15.7	36401	6617	0.039	100
3.13-4.43	5.6	0.029	21	28258	5043	0.029	99.2
4.43-160.236	5.4	0.026	22.8	14047	2613	0.026	93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1YY7

1yy7

解像度: 1.4→41.705 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.13 / FOM work R set: 0.8832 / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 18.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2069	2351	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1757	-	-	-
all	0.1772	46474	-	-
obs	0.1772	46474	99.61 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.34 Å² / B_iso mean: 21.4705 Å² / B_iso min: 6.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.705 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1592	0	26	266	1884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	1684
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.714	2276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	243
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	299
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.186	663

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.4286	0.2708	133	0.2408	2557	2690	100
1.4286-1.4597	0.2596	150	0.224	2539	2689	100
1.4597-1.4936	0.253	145	0.2068	2545	2690	100
1.4936-1.531	0.2117	131	0.1936	2539	2670	100
1.531-1.5724	0.1766	135	0.1754	2590	2725	100
1.5724-1.6186	0.1932	150	0.1706	2538	2688	100
1.6186-1.6709	0.1904	147	0.1649	2586	2733	100
1.6709-1.7306	0.2058	127	0.1672	2590	2717	100
1.7306-1.7999	0.1942	109	0.1643	2600	2709	100
1.7999-1.8818	0.2066	139	0.1702	2563	2702	100
1.8818-1.981	0.2008	133	0.174	2607	2740	100
1.981-2.1051	0.2133	135	0.1666	2594	2729	100
2.1051-2.2677	0.2144	132	0.1661	2651	2783	100
2.2677-2.4958	0.2008	140	0.1675	2616	2756	100
2.4958-2.8569	0.1904	151	0.1734	2611	2762	100
2.8569-3.5991	0.2086	158	0.1685	2683	2841	100
3.5991-41.7237	0.2106	136	0.1852	2714	2850	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0877	0.4044	-0.0027	1.1433	-0.2827	2.1331	0.0334	-0.0378	0.2284	0.0487	0.038	0.1373	-0.2997	-0.1271	-0.0505	0.0937	0.0007	0.0261	0.0754	-0.0051	0.0984	-2.3727	17.3654	12.3373
2	1.1651	-2.2046	-1.8441	4.5457	2.8106	4.164	-0.0784	-0.0747	0.4249	-0.2176	0.2408	-0.0691	-0.0412	0.3808	-0.158	0.3908	-0.1653	0.077	0.3149	-0.1054	0.3062	14.7814	24.0275	9.498
3	2.8464	2.1623	-1.1471	2.9967	-1.2908	3.3829	-0.1002	-0.0427	0.0452	-0.1462	0.0375	0.0996	0.129	-0.0488	0.0616	0.1215	-0.0091	-0.0005	0.1304	-0.0287	0.104	8.1355	4.6367	6.5413
4	2.7403	3.5438	0.5455	5.2498	-0.0144	2.9128	-0.1675	0.3689	-0.9163	-0.2786	0.1124	-0.1758	0.9507	-0.1398	0.0079	0.3997	-0.0256	0.0404	0.1834	-0.0389	0.2545	6.134	-7.8609	13.5488
5	0.1251	0.1431	-0.2688	2.2664	-0.3763	0.5796	-0.0767	-0.0863	-0.5212	-0.0178	-0.0315	-0.6453	-0.0173	0.4572	-0.0288	0.1101	-0.0795	0.0219	0.4794	-0.0225	0.2964	22.1124	10.3859	13.76
6	2.6919	0.9519	-1.0751	2.2421	-0.2809	2.9662	-0.1136	-0.0496	-0.1841	0.047	0.0172	-0.2156	0.1493	0.1976	0.0911	0.0491	0.0051	0.0083	0.1191	-0.0166	0.0878	8.5319	3.3987	18.7853
7	3.7933	-2.7506	-0.1209	4.5137	0.4905	3.1199	-0.0059	-0.4141	-0.2671	0.2738	-0.0657	-0.6229	0.2849	0.7441	-0.036	0.0915	0.0269	-0.0245	0.4116	0.0125	0.2814	19.0964	3.2761	21.5115
8	3.9124	2.0961	-1.5319	3.2727	-0.9976	1.4947	0.1201	-0.3173	0.0247	0.3287	0.0274	-0.1395	-0.1578	0.3627	-0.0907	0.1295	-0.0481	0.0026	0.1779	-0.0395	0.0889	6.8458	12.8275	26.027

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 2:73 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 74:83 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 84:114 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 115:132 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 133:148 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 149:169 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 170:183 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 184:201 )	A

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)