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- PDB-4ho5: Crystal structure of glucose 1-phosphate thymidylyltransferase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ho5
タイトルCrystal structure of glucose 1-phosphate thymidylyltransferase from Aneurinibacillus thermoaerophilus complexed with TDP-glucose
要素Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / thymidylyltransferase / nucleotide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, short form / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'DEOXY-THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-ALPHA-D-GLUCOSE / Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aneurinibacillus thermoaerophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / PDB entry 1H5R / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chen, T.J. / Chien, W.T. / Lin, C.C. / Wang, W.C.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of glucose 1-phosphate thymidylyltransferase from Aneurinibacillus thermoaerophilus complexed with TDP-glucose
著者: Chen, T.J. / Chien, W.T. / Lin, C.C. / Wang, W.C.
履歴
登録2012年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,68511
ポリマ－65,9472
非ポリマー2,7389
水9,080504
1
A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3916
ポリマ－32,9741
非ポリマー1,4175
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2945
ポリマ－32,9741
非ポリマー1,3214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子

A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,37022
ポリマ－131,8954
非ポリマー5,47518
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area20460 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area41880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.302, 90.560, 87.519
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.960, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-636-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase


分子量: 32973.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aneurinibacillus thermoaerophilus (バクテリア)
遺伝子: rmlA / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9AGY4, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-DAU / 2'DEOXY-THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-ALPHA-D-GLUCOSE / チミジン5′-二りん酸β-(α-D-グルコピラノシル)


分子量: 564.329 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N2O16P2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1M sodium cacodylate, 2.0M lithium sulfate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 79524 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.7650.29479360.981199.9
1.76-1.8350.20679601.0461100
1.83-1.9150.14180011.0551100
1.91-2.0250.09479701.047199.9
2.02-2.1450.07180001.0251100
2.14-2.3150.05879581.078199.9
2.31-2.5450.0579941.05199.9
2.54-2.9150.04680201.097199.8
2.91-3.664.70.04679401.009199
3.66-304.60.03977451.073195.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: PDB entry 1H5R / 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.066 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2234 3994 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.1935 79472 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.57 Å2 / Biso mean: 28.9319 Å2 / Biso min: 13.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å2-1.73 Å2
2--0.92 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4518 0 169 504 5191
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0224776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4552.0296484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0765575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.10624.554202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70615823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3271524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0213482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.71.52853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.71224588
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.05131923
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3984.51896
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 294 -
Rwork0.275 5410 -
all-5704 -
obs--97.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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