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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ho2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glucose 1-phosphate thymidylyltransferase from Aneurinibacillus thermoaerophilus complexed with thymidine | ||||||
要素 | Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / thymidylyltransferase / nucleotide binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / extracellular polysaccharide biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aneurinibacillus thermoaerophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, T.J. / Chien, W.T. / Lin, C.C. / Wang, W.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal structure of glucose 1-phosphate thymidylyltransferase from Aneurinibacillus thermoaerophilus complexed with thymidine 著者: Chen, T.J. / Chien, W.T. / Lin, C.C. / Wang, W.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ho2.cif.gz | 76.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ho2.ent.gz | 56 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ho2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ho2_validation.pdf.gz | 457.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ho2_full_validation.pdf.gz | 460.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ho2_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ho2_validation.cif.gz | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/4ho2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/4ho2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1h5rS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32973.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aneurinibacillus thermoaerophilus (バクテリア) 遺伝子: rmlA / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9AGY4, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M sodium cacodylate, 2.0M lithium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月9日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→30 Å / Num. all: 26525 / Num. obs: 26483 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.042 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.91 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1H5R 解像度: 1.84→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.919 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.33 Å2 / Biso mean: 30.1519 Å2 / Biso min: 16.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20
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