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- PDB-4hmd: Crystal structure of cold-adapted chitinase from Moritella marina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hmd
タイトルCrystal structure of cold-adapted chitinase from Moritella marina with a reaction intermediate - oxazolinium ion (NGO)
要素Chitinase 60
キーワードHYDROLASE / Chitinase / hydrolaze / TIM-barrel / Ig-like / Immunoglobulin like domain / ChB D / Chitin binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pesticidal crystal protein Cry22Aa, Ig-like domain / Bacterial surface protein, Ig-like domain / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / : / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site ...Pesticidal crystal protein Cry22Aa, Ig-like domain / Bacterial surface protein, Ig-like domain / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / : / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Ribbon / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NGO / Chitinase 60
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Vorgias, C.E. / Raczynska, J.E. / Rypniewski, W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of a complete four-domain chitinase from Moritella marina, a marine psychrophilic bacterium
著者: Malecki, P.H. / Raczynska, J.E. / Vorgias, C.E. / Rypniewski, W.
履歴
登録2012年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase 60
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1585
ポリマ－58,6171
非ポリマー5404
水3,009167
1
A: Chitinase 60
ヘテロ分子

A: Chitinase 60
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,31610
ポリマ－117,2352
非ポリマー1,0818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x+y,y,-z+1/31
Buried area5430 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area46490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.091, 67.091, 258.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1050-

HOH

詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN.

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Chitinase 60


分子量: 58617.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio marinus (バクテリア) / 遺伝子: chi60 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1VBB0, chitinase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 170分子

#3: 化合物 ChemComp-NGO / 2-METHYL-4,5-DIHYDRO-(1,2-DIDEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSO)[2,1-D]-1,3-OXAZOLE / N-ACETYLGLUCOSAMINE-OXAZOLINIUM ION INTERMEDIATE


分子量: 204.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14NO5
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE DISCREPANCIES (R452H, A470T) WERE NOT INTENTIONAL MUTATIONS, AND COULD BE THE CORRECT ...THE SEQUENCE DISCREPANCIES (R452H, A470T) WERE NOT INTENTIONAL MUTATIONS, AND COULD BE THE CORRECT SEQUENCE OF THE NATIVE GENE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 23% PEG 4000 w/v, 0.16M ammonium sulphate, 0.1M citrate buffer, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月19日
放射モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
Reflection数: 291189 / Rmerge(I) obs: 0.078 / D res high: 2.26 Å / Num. obs: 31416 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
6.7350127899.510.022
4.786.73219510010.031
3.914.78282610010.038
3.393.91329099.910.056
3.033.39369499.810.101
2.773.03404599.210.182
2.562.77439699.210.35
2.42.56470799.110.603
2.262.449859810.924
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. all: 31416 / Num. obs: 31416 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.12
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.26-2.40.9242.43198
2.4-2.560.6033.77199.1
2.56-2.770.356.3199.2
2.77-3.030.18211.03199.2
3.03-3.390.10120.01199.8
3.39-3.910.05635.86199.9
3.91-4.780.03852.851100
4.78-6.730.03159.181100
6.730.02270.59199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å43.17 Å
Translation2.5 Å43.17 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HMC

4hmc


解像度: 2.26→43.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 16.804 / SU ML: 0.201 / SU R Cruickshank DPI: 0.2513 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24809 1570 5 %RANDOM
Rwork0.18564 ---
obs0.18872 29817 99.19 %-
all-31387 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.739 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.44 Å21.72 Å20 Å2
2--3.44 Å20 Å2
3----5.15 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→43.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4137 0 35 167 4339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.024272
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7561.9175840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0333.0016615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8355527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.33425.681213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.55115646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5661513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.262→2.321 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 109 -
Rwork0.35 2046 -
obs--96.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9747-0.28950.1010.1097-0.16531.0869-0.07570.01970.02680.06440.0293-0.01750.0087-0.1310.04630.6082-0.0141-0.02860.09150.03310.17581.604625.192523.1351
21.326-0.0516-2.69720.12090.09996.4286-0.27430.0305-0.03860.0084-0.0674-0.17340.0589-0.21730.34170.7391-0.1191-0.13910.11740.02110.3417-19.8953-1.033859.7867
31.3937-1.3142.04195.281-0.50863.5049-0.27470.08610.21020.2664-0.21140.0364-0.57380.06080.48610.4551-0.2394-0.10030.3916-0.03170.1223-27.667921.5366114.162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2A350 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3A502 - 550

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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