PDB-4hl6: YfdE from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hl6

タイトル

YfdE from Escherichia coli

要素

Uncharacterized protein YfdE

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

CoA:oxalate CoA-transferase / acetyl-CoA:oxalate CoA-transferase / CoA-transferase activity / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Mullins, E.A. / Sullivan, K.L. / Nyffeler, K.E. / Kappock, T.J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Function and X-Ray crystal structure of Escherichia coli YfdE.
著者: Mullins, E.A. / Sullivan, K.L. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2012年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月31日	Group: Database references
改定 1.2	2013年8月21日	Group: Database references
改定 1.3	2014年3月26日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hl6.cif.gz	447.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hl6.ent.gz	366.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hl6_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hl6_full_validation.pdf.gz	489.6 KB	表示
XML形式データ	4hl6_validation.xml.gz	83.8 KB	表示
CIF形式データ	4hl6_validation.cif.gz	117.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/4hl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/4hl6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ed9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xpo-d 5yoq-1 5yx6-2 1vgq-d 3vs8-2 3vs9-3 3vs8-4 5yit-1 4mcx-d 1254 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein YfdE

B: Uncharacterized protein YfdE

C: Uncharacterized protein YfdE

D: Uncharacterized protein YfdE

E: Uncharacterized protein YfdE

F: Uncharacterized protein YfdE

263 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein YfdE

B: Uncharacterized protein YfdE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uncharacterized protein YfdE

D: Uncharacterized protein YfdE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Uncharacterized protein YfdE

F: Uncharacterized protein YfdE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.422, 79.527, 276.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.950, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Uncharacterized protein YfdE 分子量: 43883.980 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yfdE, b2371, JW2368 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P76518
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1021 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% (w/v) PEG-8000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月27日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 107843 / % possible obs: 79.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.08 / Χ²: 1.334 / Net I/σ(I): 16.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Χ²	% possible all
2.12-2.16	3.1	0.506	2.2	4956	0.506	0.858	73.7
2.16-2.2	3.1	0.447	2.5	4997	0.447	0.865	74
2.2-2.24	3.1	0.394	2.8	4946	0.394	0.896	74
2.24-2.28	3.1	0.337	3.3	4940	0.337	0.901	73
2.28-2.33	3.1	0.298	3.6	5000	0.298	0.896	75.3
2.33-2.39	3.1	0.265	4.1	5061	0.265	0.925	75
2.39-2.45	3.1	0.234	4.8	4977	0.234	0.959	73.3
2.45-2.51	3.1	0.204	5.7	4961	0.204	0.996	74.4
2.51-2.59	3.1	0.19	6.1	4982	0.19	1.073	74.1
2.59-2.67	3.1	0.159	7.7	4997	0.159	1.151	74.2
2.67-2.77	3.1	0.151	8	4987	0.151	1.2	73.9
2.77-2.88	3.1	0.125	10.4	4993	0.125	1.259	74
2.88-3.01	3	0.103	12.9	5118	0.103	1.381	75.9
3.01-3.17	3	0.089	15.5	5240	0.089	1.411	77.8
3.17-3.37	3	0.08	18.7	5394	0.08	1.736	79.6
3.37-3.62	3	0.068	23.3	5727	0.068	1.945	84.2
3.62-3.99	3	0.061	27.3	6205	0.061	2.219	91.3
3.99-4.57	3.3	0.052	32.7	6613	0.052	2.168	97.4
4.57-5.75	3.7	0.043	32.6	6819	0.043	1.628	99.9
5.75-50	3.7	0.035	41.2	6930	0.035	1.354	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4ed9

4ed9

解像度: 2.12→42.479 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8151 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.73 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2361	5455	5.06 %	Random
R_work	0.1885	-	-	-
obs	0.191	107822	79.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.435 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.32 Å² / B_iso mean: 32.8256 Å² / B_iso min: 12.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.8518 Å²	-0 Å²	-1.215 Å²
2-	-	-7.3098 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.542 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→42.479 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17260	0	0	1021	18281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	17650
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.77	23940
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	2657
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3153
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.951	6542

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.12-2.1435	0.303	170	0.2324	3064	3234	3234	71
2.1435-2.1687	0.3385	141	0.2305	3153	3294	3294	75
2.1687-2.1951	0.3145	199	0.2365	3154	3353	3353	73
2.1951-2.2229	0.2955	155	0.2264	3134	3289	3289	74
2.2229-2.2522	0.2615	177	0.2081	3117	3294	3294	74
2.2522-2.283	0.2879	169	0.2228	3136	3305	3305	73
2.283-2.3156	0.3146	164	0.2198	3165	3329	3329	75
2.3156-2.3502	0.3125	166	0.2312	3229	3395	3395	75
2.3502-2.3869	0.3097	161	0.2245	3186	3347	3347	76
2.3869-2.4261	0.2925	169	0.223	3147	3316	3316	73
2.4261-2.4679	0.3062	174	0.2084	3151	3325	3325	75
2.4679-2.5128	0.25	166	0.2109	3142	3308	3308	74
2.5128-2.5611	0.2484	164	0.2137	3164	3328	3328	74
2.5611-2.6133	0.2747	183	0.2074	3148	3331	3331	74
2.6133-2.6702	0.2643	167	0.199	3154	3321	3321	74
2.6702-2.7323	0.2782	153	0.2233	3173	3326	3326	73
2.7323-2.8006	0.2807	150	0.2277	3199	3349	3349	75
2.8006-2.8763	0.2551	158	0.2172	3149	3307	3307	74
2.8763-2.9609	0.2514	172	0.2113	3251	3423	3423	75
2.9609-3.0564	0.2772	187	0.209	3272	3459	3459	77
3.0564-3.1657	0.2707	177	0.2142	3313	3490	3490	78
3.1657-3.2924	0.2495	193	0.2017	3397	3590	3590	79
3.2924-3.4421	0.2536	183	0.1957	3495	3678	3678	82
3.4421-3.6235	0.2072	202	0.1768	3648	3850	3850	85
3.6235-3.8504	0.2141	212	0.1677	3832	4044	4044	90
3.8504-4.1475	0.1783	220	0.1692	4080	4300	4300	95
4.1475-4.5644	0.1992	227	0.1493	4263	4490	4490	98
4.5644-5.2239	0.1832	227	0.1508	4299	4526	4526	100
5.2239-6.5776	0.2215	229	0.1769	4345	4574	4574	100
6.5776-42.4872	0.1879	240	0.1569	4407	4647	4647	99

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