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- PDB-4hf1: Crystal Structure of IscR bound to its promoter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hf1
タイトルCrystal Structure of IscR bound to its promoter
要素
  • (DNA (29-MER)) x 2
  • HTH-type transcriptional regulator IscR
キーワードTranscription/DNA / wHTH / Protein-DNA Complex / Iron-Sulfur Cluster / winged Helix-turn-Helix / Transcriptional Regulator / Redox sensor / DNA Binding / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / iron ion binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor HTH, IscR / Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Transcription factor HTH, IscR / Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional regulator IscR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.222 Å
データ登録者Rajagopalan, S.R. / Phillips, K.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Studies of IscR reveal a unique mechanism for metal-dependent regulation of DNA binding specificity.
著者: Rajagopalan, S. / Teter, S.J. / Zwart, P.H. / Brennan, R.G. / Phillips, K.J. / Kiley, P.J.
履歴
登録2012年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator IscR
B: HTH-type transcriptional regulator IscR
C: DNA (29-MER)
D: DNA (29-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2334
ポリマ－54,2334
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10060 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.124, 75.320, 187.394
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator IscR


分子量: 18205.348 Da / 分子数: 2 / 変異: C92A, C98A, C104A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: iscR, yfhP, b2531, JW2515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGK8
#2: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 8888.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 8933.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2-0.3M Ammonium Phosphate, 20% glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月24日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 33154 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 10.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.222→48.081 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2277 2377 7.42 %RANDOM
Rwork0.2028 ---
obs0.2047 27065 48.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.2135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.222→48.081 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1913 1183 0 0 3096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0344650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.9491279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062536
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2222-2.26760.2189440.2338541X-RAY DIFFRACTION15
2.2676-2.31690.3017570.2322706X-RAY DIFFRACTION20
2.3169-2.37080.2294630.2477794X-RAY DIFFRACTION22
2.3708-2.43010.2791770.2436966X-RAY DIFFRACTION26
2.4301-2.49580.2698850.24281078X-RAY DIFFRACTION30
2.4958-2.56920.3223970.27371211X-RAY DIFFRACTION34
2.5692-2.65210.24321060.26141322X-RAY DIFFRACTION37
2.6521-2.74690.27721180.2861476X-RAY DIFFRACTION41
2.7469-2.85690.28231270.2971601X-RAY DIFFRACTION44
2.8569-2.98690.36941430.29671775X-RAY DIFFRACTION50
2.9869-3.14430.34591580.26711962X-RAY DIFFRACTION55
3.1443-3.34130.24531660.2432026X-RAY DIFFRACTION56
3.3413-3.59920.22881880.21082246X-RAY DIFFRACTION62
3.5992-3.96120.2342020.18692584X-RAY DIFFRACTION72
3.9612-4.53410.17612260.15972807X-RAY DIFFRACTION78
4.5341-5.7110.21952530.17523176X-RAY DIFFRACTION88
5.711-48.09260.1822670.17263387X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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