PDB-4hcj: Crystal Structure of ThiJ/PfpI Domain Protein from Brachyspira mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hcj

タイトル

Crystal Structure of ThiJ/PfpI Domain Protein from Brachyspira murdochii

要素

ThiJ/PfpI domain protein

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta-alpha sandwich

機能・相同性

DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FORMIC ACID / ThiJ/PfpI domain protein

機能・相同性情報

生物種

Brachyspira murdochii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.12 Å

データ登録者

Kim, Y. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of ThiJ/PfpI Domain Protein from Brachyspira murdochii
著者: Kim, Y. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hcj.cif.gz	96.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hcj.ent.gz	78.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hcj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hcj_validation.pdf.gz	426.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hcj_full_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示
XML形式データ	4hcj_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	4hcj_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hcj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6emu-3 6zsq-2 6emu-1 3vkn-1 3vzj-2 6zsr-2 1g4k-1 3vzl-3 6k9x-d 3vzk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC103132

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ThiJ/PfpI domain protein

ヘテロ分子

19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.799, 42.197, 66.366
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-568- HOH
2	1	A-569- HOH
3	1	A-603- HOH
4	1	A-604- HOH
5	1	A-605- HOH
6	1	A-606- HOH

#1: タンパク質	ThiJ/PfpI domain protein 分子量: 19098.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brachyspira murdochii (バクテリア) 株: DSM 12563 / 遺伝子: Bmur_0257 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: D5U596
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月6日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.12→50 Å / Num. all: 56517 / Num. obs: 56517 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 7.34 Å² / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.12→1.14 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 1598 / R_sym value: 0.231 / % possible all: 51.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXS		位相決定
MLPHARE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
ahelx-97		精密化
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1161)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.12→22.277 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 10.65 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: NUMBER OF REFLECTIONS ARE APPROXIMATELY TWO TIMES OF THAT OF OBSERVED BECAUSE I+ AND I- WERE USED IN THE FINAL ROUNDS OF REFINEMENT TO MODEL SE ATOMS BETTER (ANOMALOUS SCATTERING).

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.127	5374	5.01 %	random
R_work	0.116	-	-	-
all	0.116	107273	-	-
obs	0.116	107273	88.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.12→22.277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1296	0	7	306	1609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1496
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.165	2043
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.089	550
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	231
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	275

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.12-1.1328	0.1691	71	0.1567	1400	1471	36
1.1328-1.1461	0.1762	86	0.1362	1691	1777	45
1.1461-1.1601	0.1219	115	0.1315	1867	1982	50
1.1601-1.1748	0.1347	113	0.1204	2261	2374	58
1.1748-1.1902	0.1305	151	0.1226	2337	2488	63
1.1902-1.2065	0.138	143	0.1172	2828	2971	72
1.2065-1.2238	0.124	144	0.1106	2961	3105	79
1.2238-1.242	0.1118	202	0.1121	3468	3670	91
1.242-1.2614	0.1274	192	0.1146	3608	3800	96
1.2614-1.2821	0.1298	187	0.1081	3868	4055	100
1.2821-1.3042	0.1271	173	0.1024	3792	3965	100
1.3042-1.3279	0.1355	166	0.0992	3904	4070	100
1.3279-1.3535	0.1152	200	0.0984	3746	3946	100
1.3535-1.3811	0.1032	196	0.1006	3871	4067	100
1.3811-1.4111	0.1198	203	0.0976	3746	3949	100
1.4111-1.4439	0.1171	223	0.103	3812	4035	100
1.4439-1.48	0.1088	166	0.0961	3879	4045	100
1.48-1.52	0.128	197	0.0976	3769	3966	100
1.52-1.5648	0.1111	202	0.0964	3821	4023	100
1.5648-1.6152	0.127	227	0.0976	3828	4055	100
1.6152-1.673	0.1176	189	0.1016	3788	3977	100
1.673-1.7399	0.1086	214	0.1073	3772	3986	100
1.7399-1.8191	0.1242	221	0.1109	3757	3978	100
1.8191-1.9149	0.1183	210	0.1104	3841	4051	99
1.9149-2.0348	0.1243	224	0.1128	3759	3983	99
2.0348-2.1918	0.1241	224	0.1133	3720	3944	99
2.1918-2.4121	0.1188	180	0.1235	3821	4001	99
2.4121-2.7606	0.1278	211	0.1275	3772	3983	99
2.7606-3.476	0.1594	173	0.1306	3777	3950	99
3.476-22.2816	0.1437	171	0.1415	3435	3606	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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