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万見
- PDB-4hao: Crystal Structure of Inorganic Polyphosphate/ATP-NAD Kinase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hao
タイトルCrystal Structure of Inorganic Polyphosphate/ATP-NAD Kinase from Yersinia pestis CO92
要素Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / beta-fold / SBP fold / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP+ biosynthetic process / NAD+ metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich ...Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / NAD kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.551 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Inorganic Polyphosphate/ATP-NAD Kinase from Yersinia pestis CO92
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
B: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,71615
ポリマ－67,8632
非ポリマー85313
水86548
1
A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子

A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,41610
ポリマ－67,8632
非ポリマー5528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area23990 Å2
手法PISA
2
B: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子

B: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,01620
ポリマ－67,8632
非ポリマー1,15318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area24700 Å2
手法PISA
3
A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子

A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子

B: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子

B: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,43230
ポリマ－135,7264
非ポリマー1,70526
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation2_565-x,y+1,-z1
Buried area12020 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area44790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.091, 65.160, 86.386
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-527-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase / Poly(P)/ATP NAD kinase


分子量: 33931.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: un-cleavable C-terminal six-His tag / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: ppnK, y3074, YPO1106, YP_1050 / プラスミド: pMCSG26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q8ZH09, NAD+ kinase
#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 1 M magnesium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 20436 / Num. obs: 20436 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 72.1 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1006 / Rsym value: 0.677 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1032)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 2AN1

2an1


解像度: 2.551→33.747 Å / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1046 5.13 %random
Rwork0.185 ---
all0.188 20378 --
obs0.188 20378 98.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.551→33.747 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4397 0 54 48 4499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1226226
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2871647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005807
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5512-2.68560.33961340.27112621275595
2.6856-2.85380.32761510.243627972948100
2.8538-3.0740.28491400.237927912931100
3.074-3.38310.28381340.205927882922100
3.3831-3.8720.26731520.194827922944100
3.872-4.8760.23331640.156927832947100
4.876-33.74950.2041710.17172760293196
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.81042.05180.88991.42430.92268.21-0.0481-0.3918-0.51230.1146-0.00210.24960.02370.10320.06950.35430.13120.01230.40950.13680.611926.4343-4.439517.2215
25.2789-0.84240.39333.7005-0.98335.3034-0.13770.5754-0.3487-0.34320.1314-0.55740.11650.3540.00950.2196-0.07840.02460.3868-0.16970.47810.39166.5043-8.807
33.7091-0.1412-1.4061.4885-1.30295.0741-0.1622-0.1251-0.7984-0.051-0.0211-0.2456-0.01730.50530.22810.314-0.0269-0.03480.3509-0.08780.609412.76672.72643.5044
46.24061.0769-0.36134.04383.45435.68030.43891.13310.4994-0.5049-0.0196-0.4528-0.51530.731-0.43150.6885-0.06590.04180.86310.20240.425111.8448-21.2811-36.3802
53.9725-1.44612.55453.1051-3.17688.0770.16610.20690.2782-0.26470.28820.0251-0.4031-0.2939-0.43210.4672-0.06930.17740.4435-0.04060.386110.5826-25.7661-16.0483
63.9779-0.4398-0.44952.7904-0.66372.8320.06960.05430.34560.02990.1085-0.2399-0.2920.3673-0.11150.3333-0.08420.0550.3064-0.09650.26379.2012-32.2186-4.4367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4:123 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 124:239 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 240:292 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 4:56 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 57:168 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 169:292 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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