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- PDB-4han: Crystal structure of Galectin 8 with NDP52 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4han
タイトルCrystal structure of Galectin 8 with NDP52 peptide
要素
  • Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2
  • Galectin-8
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Autophagy / innate immunity / carbohydrate recognition domain (CRD) / autophagy adapter molecule / NAD binding / NDP52 peoptide binding / Cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphatic endothelial cell migration / xenophagy / plasma cell differentiation / positive regulation of autophagosome maturation / autophagosome membrane / response to type II interferon / viral process / T cell costimulation / autophagosome / PML body ...lymphatic endothelial cell migration / xenophagy / plasma cell differentiation / positive regulation of autophagosome maturation / autophagosome membrane / response to type II interferon / viral process / T cell costimulation / autophagosome / PML body / cellular response to virus / integrin binding / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / intracellular membrane-bounded organelle / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SKICH domain / : / SKICH domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin ...SKICH domain / : / SKICH domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Galectin-8 / Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.551 Å
データ登録者Kim, B.-W. / Hong, S.B. / Kim, J.H. / Kwon, D.H. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Structural basis for recognition of autophagic receptor NDP52 by the sugar receptor galectin-8.
著者: Kim, B.W. / Hong, S.B. / Kim, J.H. / Kwon, D.H. / Song, H.K.
履歴
登録2012年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-8
B: Galectin-8
C: Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2
D: Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0219
ポリマ－69,3764
非ポリマー1,6455
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.884, 71.884, 314.493
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 Galectin-8


分子量: 33222.207 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-155. 184-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00214
#2: タンパク質・ペプチド Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2 / Antigen nuclear dot 52 kDa protein / Nuclear domain 10 protein NDP52 / Nuclear domain 10 protein 52 ...Antigen nuclear dot 52 kDa protein / Nuclear domain 10 protein NDP52 / Nuclear domain 10 protein 52 / Nuclear dot protein 52


分子量: 1465.564 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 372-385 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALCOCO2, NDP52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13137
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-Hcl pH8.5, 30~34% (v/w) PEG400, 200mM LiSO4, and 10mM Nicotinamide adenine dinucleotide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月16日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→40.1 Å / Num. obs: 30888 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.551→40.096 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2138 1977 6.49 %Random
Rwork0.1913 ---
obs0.1928 30450 98.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.551→40.096 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4781 0 109 351 5241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5326824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4751845
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.139746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004874
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5507-2.61450.30091320.25141955X-RAY DIFFRACTION95
2.6145-2.68510.25831320.24261966X-RAY DIFFRACTION96
2.6851-2.76410.30371400.23292004X-RAY DIFFRACTION96
2.7641-2.85330.26011330.22681943X-RAY DIFFRACTION97
2.8533-2.95530.2551390.2231992X-RAY DIFFRACTION98
2.9553-3.07360.21551390.22272015X-RAY DIFFRACTION98
3.0736-3.21340.24281350.21332035X-RAY DIFFRACTION99
3.2134-3.38270.26041410.20242050X-RAY DIFFRACTION100
3.3827-3.59450.19671450.18212082X-RAY DIFFRACTION100
3.5945-3.87190.23641430.17762037X-RAY DIFFRACTION100
3.8719-4.26110.18511450.162074X-RAY DIFFRACTION100
4.2611-4.87680.16191490.14442059X-RAY DIFFRACTION100
4.8768-6.14070.19661510.18712108X-RAY DIFFRACTION100
6.1407-40.10080.19431530.20582153X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3648-0.0978-1.64920.6302-1.50763.7103-0.0761-0.3093-0.08660.04570.1414-0.03560.22170.0757-0.0280.3220.0507-0.02240.3222-0.12020.414723.1528-6.0774336.6088
21.39530.24510.73472.7024-0.69952.61760.0677-0.20550.1759-0.08360.00670.1311-0.3301-0.0618-0.06160.34940.11460.04680.3786-0.13480.431626.18221.9484323.4845
34.206-0.3559-0.46913.12150.25432.80890.08040.3922-0.3308-0.0801-0.14740.21110.1492-0.74350.06510.2771-0.01670.05360.6094-0.0630.3587-5.6022-9.8489347.2401
41.64050.58670.71541.24950.21272.51970.119-0.029-0.0304-0.1515-0.0211-0.1139-0.1170.1652-0.07770.25270.07860.1210.42670.02150.417723.63491.8234355.9302
53.5675-1.0117-0.60883.23130.60613.0882-0.218-0.2244-0.37320.21370.11970.15650.73840.22810.05580.55480.12180.07810.3346-0.00160.374330.2312-30.5188334.067
61.3878-2.4205-1.80564.90014.16783.8071-0.15040.16180.3412-0.10.3177-0.0317-0.3908-0.318-0.16680.65010.29970.07830.8410.07330.3309-2.6750.114334.6043
70.11460.1811-0.17840.86450.43013.76660.04710.41310.01340.11590.1812-0.1514-0.22460.1090.11650.47920.1249-0.19711.1741-0.12580.176237.268-22.9752346.7688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 22 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 155 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 156 through 291 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 155 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 156 through 291 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 372 through 380 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 372 through 380 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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