[日本語] English
万見
- PDB-4ha6: Crystal structure of pyridoxine 4-oxidase - pyridoxamine complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ha6
タイトルCrystal structure of pyridoxine 4-oxidase - pyridoxamine complex
要素Pyridoxine 4-oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Substrate binding domain / FAD binding domain / beta alpha beta fold / substrate access tunnel / ADP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glucose Oxidase; domain 3 / Glucose Oxidase, domain 3 / GMC oxidoreductases signature 1. / GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain ...Glucose Oxidase; domain 3 / Glucose Oxidase, domain 3 / GMC oxidoreductases signature 1. / GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-PXM / Pyridoxine 4-oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Mugo, A.N. / Kobayashi, J. / Mikami, B. / Yagi, T.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of pyridoxine 4-oxidase from Mesorhizobium loti.
著者: Mugo, A.N. / Kobayashi, J. / Yamasaki, T. / Mikami, B. / Ohnishi, K. / Yoshikane, Y. / Yagi, T.
履歴
登録2012年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyridoxine 4-oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,33110
ポリマ－54,7331
非ポリマー1,5989
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Pyridoxine 4-oxidase
ヘテロ分子

A: Pyridoxine 4-oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,66220
ポリマ－109,4652
非ポリマー3,19718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_444-x-1,y-1/2,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)62.489, 79.169, 135.219
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Pyridoxine 4-oxidase


分子量: 54732.746 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 17-520 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 遺伝子: mll6785, pno / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5NT46, EC: 1.1.3.12
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PXM / 4-(AMINOMETHYL)-5-(HYDROXYMETHYL)-2-METHYLPYRIDIN-3-OL / PYRIDOXAMINE / ピリドキサミン


分子量: 168.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hepes Na-salt(pH 7.5) 0.1M, 2-propanol 10%,PEG 4000 24%, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月19日
放射モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.095→50 Å / Num. all: 38217 / Num. obs: 38074 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 20.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.146.40.1329.8194.9
2.14-506.30.5385.7198.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T37

3t37


解像度: 2.095→39.702 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 1909 5.01 %
Rwork0.1858 --
obs0.1882 38074 94.66 %
all-38217 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.7735 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.095→39.702 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3844 0 107 244 4195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2375614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8211547
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005740
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0948-2.14720.29411540.22192590X-RAY DIFFRACTION97
2.1472-2.20530.28711420.21432590X-RAY DIFFRACTION97
2.2053-2.27010.2841550.21512565X-RAY DIFFRACTION96
2.2701-2.34340.24331280.21052592X-RAY DIFFRACTION96
2.3434-2.42720.26581460.20442545X-RAY DIFFRACTION95
2.4272-2.52430.2361220.19712578X-RAY DIFFRACTION95
2.5243-2.63920.27741480.2062506X-RAY DIFFRACTION93
2.6392-2.77830.23071170.20242546X-RAY DIFFRACTION94
2.7783-2.95230.27761280.20482526X-RAY DIFFRACTION93
2.9523-3.18020.25141260.19752536X-RAY DIFFRACTION93
3.1802-3.50.23051420.17742531X-RAY DIFFRACTION93
3.5-4.00610.18741310.16032570X-RAY DIFFRACTION93
4.0061-5.04560.15961280.14532608X-RAY DIFFRACTION94
5.0456-39.70950.23031420.17952882X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る