[日本語] English
万見
- PDB-4ha3: Structure of beta-glycosidase from Acidilobus saccharovorans in c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ha3
タイトルStructure of beta-glycosidase from Acidilobus saccharovorans in complex with Tris
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / beta-glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...: / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Acidilobus saccharovorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Trofimov, A.A. / Polyakov, K.M. / Tikhonov, A.V. / Bezsudnova, E.Y. / Dorovatovskii, P.V. / Gumerov, V.M. / Ravin, N.V. / Skryabin, K.G. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: Dokl.Biochem.Biophys.
タイトル: Structures of beta-glycosidase from Acidilobus saccharovorans in complexes with tris and glycerol.
著者: Trofimov, A.A. / Polyakov, K.M. / Tikhonov, A.V. / Bezsudnova, E.Y. / Dorovatovskii, P.V. / Gumerov, V.M. / Ravin, N.V. / Skryabin, K.G. / Popov, V.O.
履歴
登録2012年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月27日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0778
ポリマ－55,4561
非ポリマー6217
水9,296516
1
A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,30832
ポリマ－221,8254
非ポリマー2,48428
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_445-y-1,-x-1,-z1
Buried area16920 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area58670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.180, 84.180, 166.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

MG

21A-1106-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-galactosidase


分子量: 55456.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidilobus saccharovorans (古細菌)
株: DSM 16705 / VKM B-2471 / 345-15 / 遺伝子: ASAC1390, ASAC_1390 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DLT1270 (pRARE2) / 参照: UniProt: D9PZ08, beta-galactosidase

-
非ポリマー , 5種, 523分子

#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution (1.5mcl): 15mg/ml Asbeta-Gly, 0.025M NaCl, 0.05M Tris (pH 8.0). Reservoir solution (1.5mcl): 0.04M cellobiose, 0.16M magnesium acetate, 0.08M sodium cacodylate (pH 6.5), 16% ...詳細: Protein solution (1.5mcl): 15mg/ml Asbeta-Gly, 0.025M NaCl, 0.05M Tris (pH 8.0). Reservoir solution (1.5mcl): 0.04M cellobiose, 0.16M magnesium acetate, 0.08M sodium cacodylate (pH 6.5), 16% w/v polyethylene glycol 8000, 20% v/v glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.9779 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→19.841 Å / Num. all: 102050 / Num. obs: 102050 / % possible obs: 98 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 1.46→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 15340 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AUTOMARデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1gow

1gow


解像度: 1.46→19.841 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.8 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15886 5109 5 %RANDOM
Rwork0.14314 ---
obs0.14394 96870 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.262 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.51 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.134 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→19.841 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3906 0 38 516 4460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224127
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5311.9375610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88236387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1755490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.26623.033211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.75915624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4221532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7741.52439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2281.5988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33723924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97531688
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0814.51684
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.498 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 322 -
Rwork0.23 6135 -
obs--85.4 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る