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万見
- PDB-4h83: Crystal structure of Mandelate racemase/muconate lactonizing enzy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h83
タイトルCrystal structure of Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme (EFI target:502127)
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / Enzyme Function Initiative / Tim Barrel / racemase/enolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...: / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / PHOSPHATE ION / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種marine actinobacterium PHSC20C1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.094 Å
データ登録者Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Stead, M. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
著者: Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Stead, M. / ...著者: Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Stead, M. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,44418
ポリマ－260,9516
非ポリマー49312
水15,619867
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20620 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area65750 Å2
手法PISA
2
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1377
ポリマ－86,9842
非ポリマー1535
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25670 Å2
手法PISA
3
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1255
ポリマ－86,9842
非ポリマー1413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area26470 Å2
手法PISA
4
E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1836
ポリマ－86,9842
非ポリマー1994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area25800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.983, 102.950, 234.431
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme


分子量: 43491.840 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) marine actinobacterium PHSC20C1 (バクテリア)
株: PHSC20C1 / 遺伝子: A20C1_08358 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4AFX2

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非ポリマー , 5種, 879分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 867 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.88 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium Citrate, 20% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) 2-Propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月27日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 113134 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 23.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NO1

3no1


解像度: 2.094→47.131 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.8621 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2044 5358 5 %random
Rwork0.1473 ---
obs0.1501 107240 83.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.15 Å2 / Biso mean: 28.849 Å2 / Biso min: 8.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.094→47.131 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16810 0 27 867 17704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01217298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34923578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073061
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2086153
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0937-2.11750.2112860.14881762184844
2.1175-2.14240.23821280.14722118224652
2.1424-2.16850.21311300.15232408253860
2.1685-2.1960.25141440.15372526267063
2.196-2.22490.2621400.15692773291369
2.2249-2.25530.21791390.15442817295670
2.2553-2.28760.23241640.16062944310873
2.2876-2.32170.23511430.15323029317274
2.3217-2.3580.20961600.1593092325277
2.358-2.39660.24541660.15743182334879
2.3966-2.4380.271660.14993220338679
2.438-2.48230.23091770.14783211338880
2.4823-2.530.21761740.15743258343281
2.53-2.58170.19851820.15983336351882
2.5817-2.63780.2271600.16113400356083
2.6378-2.69920.25782010.1643378357985
2.6992-2.76660.22731690.16333518368786
2.7666-2.84140.231980.15993582378088
2.8414-2.9250.22491810.15753735391691
2.925-3.01940.20242120.16083755396793
3.0194-3.12730.23072150.15873909412496
3.1273-3.25250.19982050.16223985419098
3.2525-3.40050.19132060.1464013421998
3.4005-3.57970.18862260.14614010423698
3.5797-3.80390.19372540.13834020427499
3.8039-4.09750.16571980.1264088428699
4.0975-4.50950.16441800.11564146432699
4.5095-5.16140.15732090.11874116432599
5.1614-6.50010.212070.1564205441299
6.5001-47.14250.20952380.162543464584100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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