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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h4s | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ferredoxin reductase, BphA4 E175C/Q177G mutant (reduced form) | ||||||
![]() | Biphenyl dioxygenase ferredoxin reductase subunit | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Flavoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / dioxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nishizawa, A. / Harada, A. / Senda, M. / Tachihara, Y. / Muramatsu, D. / Kishigami, S. / Mori, S. / Sugiyama, K. / Senda, T. / Kimura, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Random Mutagenesis with the Project Assessment for Complete Conversion of Co-Factor Specificity of a Ferredoxin Reductase BphA4 著者: Nishizawa, A. / Harada, A. / Senda, M. / Tachihara, Y. / Muramatsu, D. / Kishigami, S. / Mori, S. / Sugiyama, K. / Senda, T. / Kimura, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 707.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 708.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4h4pC ![]() 4h4qC ![]() 4h4rC ![]() 4h4tC ![]() 4h4uC ![]() 4h4vC ![]() 4h4wC ![]() 4h4xC ![]() 4h4yC ![]() 4h4zC ![]() 4h50C ![]() 2yvfS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43124.137 Da / 分子数: 1 / 変異: E175C, Q177G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-FMT / |
#4: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 2.5M Sodium formate, 0.1M acetate buffer, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月19日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→85.08 Å / Num. all: 59390 / Num. obs: 59390 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 20.71 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.74 Å / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2YVF 解像度: 1.65→42.54 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8544 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.3 Å2 / Biso mean: 22.5673 Å2 / Biso min: 7.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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