PDB-4h32: The crystal structure of the hemagglutinin H17 derived the bat in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h32

タイトル

The crystal structure of the hemagglutinin H17 derived the bat influenza A virus

要素

(Hemagglutinin) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / homotrimer / virus entry and fusion / envelope of virus

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Sun, X. / Shi, Y. / Lu, X. / He, J. / Gao, F. / Yan, J. / Qi, J. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: Bat-derived influenza hemagglutinin H17 does not bind canonical avian or human receptors and most likely uses a unique entry mechanism.
著者: Sun, X. / Shi, Y. / Lu, X. / He, J. / Gao, F. / Yan, J. / Qi, J. / Gao, G.F.

履歴

登録	2012年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4h32_validation.pdf.gz	548.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h32_full_validation.pdf.gz	594.8 KB	表示
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CIF形式データ	4h32_validation.cif.gz	151.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h32	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4i78-2 4kwm-2 4uo7-d 4uo1-d 6pd6-1 3ubn-1 4uo2-d 6y5h-d 4wa2-2 4i78-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

G: Hemagglutinin

H: Hemagglutinin

I: Hemagglutinin

J: Hemagglutinin

K: Hemagglutinin

L: Hemagglutinin

ヘテロ分子

336 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
168 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Hemagglutinin

H: Hemagglutinin

I: Hemagglutinin

J: Hemagglutinin

K: Hemagglutinin

L: Hemagglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
168 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.149, 101.840, 497.091
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 35881.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: H6QM93

#2: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 19721.875 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: H6QM93

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.27 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: Protein (1ul at 10 mg/ml) in 20 mM Tris (pH 8.0) and 50 mM NaCl was mixed with 1ul reservoir solution (0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.0) and 30% v/v Jeffamine, ED-2001 (pH 7.0) ...詳細: Protein (1ul at 10 mg/ml) in 20 mM Tris (pH 8.0) and 50 mM NaCl was mixed with 1ul reservoir solution (0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.0) and 30% v/v Jeffamine, ED-2001 (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.27 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein (1ul at 10 mg/ml) in 20 mM Tris (pH 8.0) and 50 mM NaCl was mixed with 1ul reservoir solution (0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.0) and 30% v/v Jeffamine, ED-2001 (pH 7.0) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月1日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→49.884 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2627	4890	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2168	-	-	-
all	0.2191	97370	-	-
obs	0.2191	97370	92.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 28.96 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4461 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.7852 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.2313 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.884 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23410	0	126	381	23917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	24118
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.949	32631
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.899	8981
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	3500
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4337

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7308	0.3574	162	0.2975	2983	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7308-2.7629	0.3658	146	0.2872	2978	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7629-2.7966	0.3463	147	0.2705	3049	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7966-2.832	0.3166	177	0.2639	2949	X-RAY DIFFRACTION	90
2.832-2.8692	0.3493	155	0.2634	3019	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8692-2.9085	0.336	155	0.2614	3037	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9085-2.9501	0.2836	150	0.2472	2996	X-RAY DIFFRACTION	91
2.9501-2.9941	0.3012	160	0.2522	3034	X-RAY DIFFRACTION	91
2.9941-3.0409	0.3471	154	0.2683	3015	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0409-3.0907	0.342	143	0.2544	3036	X-RAY DIFFRACTION	90
3.0907-3.144	0.3053	154	0.2428	3028	X-RAY DIFFRACTION	94
3.144-3.2012	0.2844	169	0.2421	3035	X-RAY DIFFRACTION	91
3.2012-3.2627	0.3098	158	0.2443	2998	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2627-3.3293	0.2913	170	0.241	3044	X-RAY DIFFRACTION	92
3.3293-3.4017	0.2979	164	0.2418	3007	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4017-3.4808	0.2755	160	0.2294	3022	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4808-3.5678	0.2683	152	0.2198	3029	X-RAY DIFFRACTION	91
3.5678-3.6643	0.2623	186	0.2073	3033	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6643-3.7721	0.2186	173	0.2076	3041	X-RAY DIFFRACTION	92
3.7721-3.8938	0.2599	164	0.1995	3052	X-RAY DIFFRACTION	93
3.8938-4.0329	0.255	177	0.1885	3073	X-RAY DIFFRACTION	94
4.0329-4.1943	0.2313	157	0.1824	3103	X-RAY DIFFRACTION	92
4.1943-4.3851	0.2006	157	0.1746	3112	X-RAY DIFFRACTION	93
4.3851-4.6161	0.1858	180	0.1655	3120	X-RAY DIFFRACTION	93
4.6161-4.9051	0.2113	162	0.1779	3114	X-RAY DIFFRACTION	94
4.9051-5.2834	0.2336	174	0.1921	3205	X-RAY DIFFRACTION	95
5.2834-5.8144	0.2583	158	0.2093	3221	X-RAY DIFFRACTION	96
5.8144-6.654	0.2595	160	0.224	3329	X-RAY DIFFRACTION	97
6.654-8.377	0.2727	183	0.2055	3351	X-RAY DIFFRACTION	97
8.377-49.8924	0.2627	183	0.2376	3467	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2108	0.0154	-0.0556	0.0302	-0.0807	0.1716	-0.1328	0.0269	0.206	0.191	0.0787	-0.1607	0.0326	-0.0759	0.0923	0.4655	0.1116	-0.121	0.2372	-0.1114	0.3453	6.2609	20.9147	55.0512
2	0.0144	-0.0166	0.0227	0.0078	-0.0249	0.0241	-0.061	-0.0304	-0.0805	0.0934	0.0413	0.0072	-0.031	0.1043	-0	0.2003	0.0437	-0.0219	0.1564	-0.0087	0.2631	-8.2148	23.3258	12.1828
3	0.0498	0.0524	0.0053	0.051	-0.0221	0.1895	0.0783	0.0444	0.0642	-0.0798	-0.0269	-0.0401	0.0958	-0.0118	0.0187	0.1346	0.0185	0.0178	0.164	0.0082	0.2428	-10.0317	16.7032	-4.2381
4	0.0014	-0.0047	0.0071	0.0219	-0.0048	0.0057	-0.0109	-0.1366	0.0577	-0.0213	-0.0665	0.017	0.0689	0.1066	-0.0003	0.1958	0.0105	0.0096	0.2269	-0.0134	0.2856	-1.2603	17.31	7.8737
5	0.0148	-0.0258	0.0142	0.0527	0.0054	0.0115	-0.1694	-0.1751	0.2172	0.1679	0.0317	-0.1654	0.0653	0.0529	-0.0003	0.3722	0.0823	-0.0602	0.2735	-0.0144	0.3275	1.4491	20.0656	41.7068
6	0.0037	0.0041	0.0226	0.0989	-0.0456	0.0205	0.0702	0.0544	0.0956	0.0204	-0.1168	-0.0953	0.1331	0.207	-0.0015	0.243	0.0326	-0.0651	0.4102	-0.0701	0.331	25.9697	-5.7272	45.2521
7	0.0106	0.0035	0.0134	0.0099	0.0102	0.0147	0.0468	0.1635	-0.0745	-0.031	0.0872	-0.0916	0.1311	0.1189	0.0014	0.2648	0.0985	-0.0707	0.273	-0.0578	0.3178	7.4581	-17.8011	6.6686
8	0.1428	-0.1084	-0.0213	0.1721	-0.0508	0.0425	0.055	0.0462	-0.0112	-0.041	-0.0138	-0.0138	0.0738	0.0605	0	0.174	0.0197	0.0119	0.1597	-0.0328	0.2144	-8.2421	-14.6377	-2.8149
9	0.1619	0.1903	0.054	0.2394	0.0581	0.0233	0.1085	-0.0296	-0.0476	0.2057	-0.0738	-0.0889	0.0346	0.0385	-0.0391	0.1527	0.0308	-0.024	0.1504	-0.0825	0.2534	-3.5577	-17.76	9.4665
10	0.0812	-0.0158	-0.0169	0.0265	-0.0243	0.0285	-0.0857	0.0061	0.0364	0.0082	0.1304	-0.1119	0.0852	0.2262	0	0.3401	0.0117	-0.0154	0.2702	-0.0401	0.266	18.2498	-7.0405	33.3648
11	0.0935	0.0199	-0.0878	0.001	-0.0179	0.0818	0.045	-0.2713	0.0352	0.0092	-0.0717	0.0726	0.0698	0.0186	0.0066	0.3327	-0.0213	-0.0471	0.3098	0.0372	0.2618	-4.3096	-11.7499	60.9457
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'L' and (resseq 366:395)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'L' and (resseq 396:402)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'L' and (resseq 403:505)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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