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万見
- PDB-4h19: Crystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup, tar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h19
タイトルCrystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup, target EFI-502087) from agrobacterium tumefaciens, with bound Mg and d-ribonohydroxamate, ordered loop
要素Mandelate racemase
キーワードLYASE / Enolase / mandelate racemase subgroup / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...: / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0YR / Mandelate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Bouvier, J.T. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup, target EFI-502087) from agrobacterium tumefaciens, with bound Mg and d-ribonohydroxamate, ordered loop
著者: Vetting, M.W. / Bouvier, J.T. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2012年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase
B: Mandelate racemase
C: Mandelate racemase
D: Mandelate racemase
E: Mandelate racemase
F: Mandelate racemase
G: Mandelate racemase
H: Mandelate racemase
I: Mandelate racemase
K: Mandelate racemase
L: Mandelate racemase
M: Mandelate racemase
N: Mandelate racemase
P: Mandelate racemase
J: Mandelate racemase
O: Mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)667,452151
ポリマ－657,97516
非ポリマー9,477135
水104,3615793
1
A: Mandelate racemase
D: Mandelate racemase
F: Mandelate racemase
K: Mandelate racemase
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase
D: Mandelate racemase
F: Mandelate racemase
K: Mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,25984
ポリマ－328,9888
非ポリマー5,27176
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_553-x,y,-z-3/21
Buried area42420 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area79520 Å2
手法PISA
2
B: Mandelate racemase
C: Mandelate racemase
E: Mandelate racemase
G: Mandelate racemase
H: Mandelate racemase
I: Mandelate racemase
L: Mandelate racemase
M: Mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,39271
ポリマ－328,9888
非ポリマー4,40563
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40390 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area79670 Å2
手法PISA
3
N: Mandelate racemase
P: Mandelate racemase
J: Mandelate racemase
O: Mandelate racemase
ヘテロ分子

N: Mandelate racemase
P: Mandelate racemase
J: Mandelate racemase
O: Mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,86276
ポリマ－328,9888
非ポリマー4,87468
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_653-x+1,y,-z-3/21
Buried area42110 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area79120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.363, 395.688, 177.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

CA

21D-406-

CL

31K-768-

HOH

41J-533-

HOH

51O-708-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 16分子 ABCDEFGHIKLMNPJO

#1: タンパク質
Mandelate racemase


分子量: 41123.445 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / 遺伝子: Atu4120 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7CU39

-
非ポリマー , 6種, 5928分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-0YR / (2R,3R,4R)-N,2,3,4,5-pentakis(oxidanyl)pentanamide / D-ribonohydroxamate / (2R,3R,4R)-2,3,4,5-テトラヒドロキシペンタンヒドロキシム酸


分子量: 181.144 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 4
詳細: Protein (10 mM Tris, pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM Mg, 10 mM D-ribonohydroxamate; Reservoir (20% (w/v) PEG-8000, 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM MgCl2); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol, 50 ...詳細: Protein (10 mM Tris, pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM Mg, 10 mM D-ribonohydroxamate; Reservoir (20% (w/v) PEG-8000, 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM MgCl2); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol, 50 mM MgCl, 10 mM D-ribonohydroxamate), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→197.844 Å / Num. all: 573535 / Num. obs: 573535 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.95.80.6491.2483636832990.64999.9
1.9-2.016.10.441.7478239789030.44100
2.01-2.156.30.3052.5470246741940.305100
2.15-2.326.60.2183.4458340690870.218100
2.32-2.5570.1674.4443513637330.167100
2.55-2.857.30.1335.4420273576780.133100
2.85-3.297.50.1026.5382863510140.102100
3.29-4.027.50.087.3325074432160.08100
4.02-5.697.50.0697.5251448336230.069100
5.69-197.8447.20.0666.2135941187880.06699.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TJ4

3tj4


解像度: 1.8→197.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / SU B: 2.173 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1755 28777 5 %RANDOM
Rwork0.1371 ---
all0.139 573175 --
obs0.139 573175 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.84 Å2 / Biso mean: 17.366 Å2 / Biso min: 6.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å2-0 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→197.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46512 0 531 5793 52836
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01948400
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0245288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.94666077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9313.001104152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.48155988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.30522.8692067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.367157361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.88715321
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.27446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02154285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0211176
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 2068 -
Rwork0.229 40074 -
all-42142 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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