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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h0s | ||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of a basic phospholipase A2 from Trimeresurus stejnegeri venom | ||||||
要素 | Basic phospholipase A2 homolog CTs-R6 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha-helix (Αヘリックス) / glycerophospholipid / venom gland | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Viridovipera stejnegeri (タイワンアオハブ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Zeng, F. / Niu, L. / Li, X. / Teng, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure analysis of a basic phospholipase A2 from Trimeresurus stejnegeri venom 著者: Zeng, F. / Niu, L. / Li, X. / Teng, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4h0s.cif.gz | 157.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4h0s.ent.gz | 123.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4h0s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/4h0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/4h0s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1b4wS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15322.894 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Viridovipera stejnegeri (タイワンアオハブ) 参照: UniProt: Q6H3D7, ホスホリパーゼA2 #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.69 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.2 M sodium chloride, 16% PEG6000, 0.015 mM CYMAL-7, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 0.97916 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月22日 |
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 51060 / Num. obs: 50982 / % possible obs: 99.9 % |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 5105 / Rsym value: 0.348 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1B4W 解像度: 1.55→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.548 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.282 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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