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万見
- PDB-4h02: Crystal structure of P. falciparum Lysyl-tRNA synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h02
タイトルCrystal structure of P. falciparum Lysyl-tRNA synthetase
要素Lysyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / Cladosporin / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP:ADP adenylyltransferase activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / positive regulation of macrophage activation / tRNA binding / mitochondrion / extracellular space ...ATP:ADP adenylyltransferase activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / positive regulation of macrophage activation / tRNA binding / mitochondrion / extracellular space / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.905 Å
データ登録者Khan, S. / Garg, A. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural analysis of malaria-parasite lysyl-tRNA synthetase provides a platform for drug development.
著者: Khan, S. / Garg, A. / Camacho, N. / Van Rooyen, J. / Kumar Pole, A. / Belrhali, H. / Ribas de Pouplana, L. / Sharma, V. / Sharma, A.
履歴
登録2012年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysyl-tRNA synthetase
B: Lysyl-tRNA synthetase
C: Lysyl-tRNA synthetase
D: Lysyl-tRNA synthetase
E: Lysyl-tRNA synthetase
F: Lysyl-tRNA synthetase
G: Lysyl-tRNA synthetase
H: Lysyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)469,6558
ポリマ－469,6558
非ポリマー00
水1,74797
1
A: Lysyl-tRNA synthetase
B: Lysyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4142
ポリマ－117,4142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8530 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area40570 Å2
手法PISA
2
C: Lysyl-tRNA synthetase
D: Lysyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4142
ポリマ－117,4142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8430 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area41160 Å2
手法PISA
3
E: Lysyl-tRNA synthetase
F: Lysyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4142
ポリマ－117,4142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8590 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area40700 Å2
手法PISA
4
G: Lysyl-tRNA synthetase
H: Lysyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4142
ポリマ－117,4142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area40710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.334, 59.136, 297.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Lysyl-tRNA synthetase


分子量: 58706.934 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 77-583 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PF13_0262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8IDJ8, lysine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Bis-Tris (6.5 pH), 2%v/v Tascimate (6.0 pH) and 20%w/v PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月4日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.905→50 Å / Num. obs: 103791 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.905→2.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.403

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.905→48.702 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU ML: 0.84 / SU R Cruickshank DPI: 0.3821 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.93 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2982 3110 3 %
Rwork0.2257 --
obs0.2279 103774 95.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.688 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.0889 Å2-0 Å21.283 Å2
2--3.1613 Å2-0 Å2
3---12.9276 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.905→48.702 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30725 0 0 97 30822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27842603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.06811947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0844600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.905-2.95030.36861340.29114417X-RAY DIFFRACTION91
2.9503-2.99860.40391320.27444586X-RAY DIFFRACTION98
2.9986-3.05030.33441500.2684576X-RAY DIFFRACTION97
3.0503-3.10580.32671480.25454611X-RAY DIFFRACTION95
3.1058-3.16550.31951270.24084543X-RAY DIFFRACTION96
3.1655-3.23010.35311550.24084555X-RAY DIFFRACTION96
3.2301-3.30030.33731360.24074543X-RAY DIFFRACTION94
3.3003-3.37710.32111550.23444505X-RAY DIFFRACTION96
3.3771-3.46150.31841260.23884530X-RAY DIFFRACTION94
3.4615-3.55510.33291580.22914475X-RAY DIFFRACTION94
3.5551-3.65970.28981500.23534449X-RAY DIFFRACTION93
3.6597-3.77770.33611370.22694454X-RAY DIFFRACTION94
3.7777-3.91270.29841300.21654513X-RAY DIFFRACTION93
3.9127-4.06930.26661450.20214414X-RAY DIFFRACTION93
4.0693-4.25440.23811470.19594451X-RAY DIFFRACTION92
4.2544-4.47860.27281340.19374480X-RAY DIFFRACTION94
4.4786-4.75890.28021340.19574549X-RAY DIFFRACTION94
4.7589-5.1260.28271170.19954587X-RAY DIFFRACTION94
5.126-5.64120.31651200.23384663X-RAY DIFFRACTION96
5.6412-6.45580.31161630.25844771X-RAY DIFFRACTION98
6.4558-8.12760.27111610.22384900X-RAY DIFFRACTION100
8.1276-48.70870.26241510.22925092X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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