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- PDB-4gy7: Crystallographic structure analysis of urease from Jack bean (Can... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gy7
タイトルCrystallographic structure analysis of urease from Jack bean (Canavalia ensiformis) at 1.49 A Resolution
要素Urease
キーワードHYDROLASE / Plant urease / Jack bean / Canavalia ensiformis / Metal-binding / Nickel
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Urease / Urease subunit beta-alpha, linker domain / Urease subunit beta-alpha linker domain / Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site ...Urease / Urease subunit beta-alpha, linker domain / Urease subunit beta-alpha linker domain / Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / : / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Ribbon / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETONE / BETA-MERCAPTOETHANOL / NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / Urease
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.492 Å
データ登録者Begum, A. / Banumathi, S. / Choudhary, M.I. / Betzel, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallographic structure analysis of urease from Jack bean (Canavalia ensiformis) at 1.49 A Resolution
著者: Begum, A. / Banumathi, S. / Choudhary, M.I. / Betzel, C.
履歴
登録2012年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,00726
ポリマ－91,4781
非ポリマー1,52925
水15,709872
1
A: Urease
ヘテロ分子

A: Urease
ヘテロ分子

A: Urease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,02278
ポリマ－274,4353
非ポリマー4,58675
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area42160 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area67050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.664, 140.664, 198.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Urease / Urea amidohydrolase


分子量: 91478.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Plant source / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P07374, urease

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非ポリマー , 7種, 897分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-ACN / ACETONE / アセトン


分子量: 58.079 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O
#6: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 872 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 1.6M ammonium phosphate dibasic, 100mM Tris pH 8.8, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月27日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→20 Å / Num. obs: 180775 / % possible obs: 97.23 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2
反射 シェル最高解像度: 1.49 Å / % possible all: 97.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LA4

3la4


解像度: 1.492→19.973 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / σ(I): 2.5 / 位相誤差: 16.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1647 930 0.51 %RANDOM
Rwork0.1508 ---
obs0.1509 180775 97.23 %-
all-171427 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.18 Å2 / Biso mean: 16.7719 Å2 / Biso min: 4.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.492→19.973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6369 0 90 872 7331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076755
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2629163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2232556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091048
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061190
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4923-1.57090.23791430.21382502696
1.5709-1.66930.17391350.16032561098
1.6693-1.79810.17761180.15422578598
1.7981-1.97890.19121370.15532588199
1.9789-2.26490.16391190.14542607299
2.2649-2.85230.1791440.14792622699
2.8523-19.9750.1351340.14322524592
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.1595 Å / Origin y: -57.4323 Å / Origin z: -21.9176 Å
111213212223313233
T0.0589 Å20.0051 Å20.0008 Å2-0.0528 Å2-0.0055 Å2--0.0554 Å2
L0.0924 °20.0024 °2-0.0009 °2-0.008 °20.0036 °2--0.0557 °2
S-0.0054 Å °0.0006 Å °0.0116 Å °0.0109 Å °0.0001 Å °-0.0029 Å °-0.0256 Å °-0.0066 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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