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- PDB-4gx0: Crystal structure of the GsuK L97D mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gx0
タイトルCrystal structure of the GsuK L97D mutant
要素TrkA domain protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane Protein / Ion Channel / ADP Binding / NAD Binding / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / Helix Hairpins - #70 ...Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / alpha-D-glucopyranose / : / PHOSPHATE ION / TrkA domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Kong, C. / Zeng, W. / Ye, S. / Chen, L. / Sauer, D.B. / Lam, Y. / Derebe, M.G. / Jiang, Y.
引用ジャーナル: elife / 年: 2012
タイトル: Distinct gating mechanisms revealed by the structures of a multi-ligand gated K(+) channel.
著者: Kong, C. / Zeng, W. / Ye, S. / Chen, L. / Sauer, D.B. / Lam, Y. / Derebe, M.G. / Jiang, Y.
履歴
登録2012年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TrkA domain protein
B: TrkA domain protein
C: TrkA domain protein
D: TrkA domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,57833
ポリマ－247,3294
非ポリマー2,24929
水7,044391
1
A: TrkA domain protein
B: TrkA domain protein
ヘテロ分子

A: TrkA domain protein
B: TrkA domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,19536
ポリマ－247,3294
非ポリマー2,86632
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area13350 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area81230 Å2
手法PISA
2
C: TrkA domain protein
D: TrkA domain protein
ヘテロ分子

C: TrkA domain protein
D: TrkA domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,96030
ポリマ－247,3294
非ポリマー1,63126
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area12960 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area81870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.934, 111.670, 164.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 134.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

K

21A-602-

K

31A-603-

K

41A-604-

K

51A-605-

K

61B-603-

K

71C-601-

K

81C-602-

K

91C-603-

K

101C-604-

K

111C-608-

K

121D-601-

K

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
TrkA domain protein


分子量: 61832.238 Da / 分子数: 4 / 変異: E52A, Q77E, L97D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
株: ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA / 遺伝子: GSU0527 / プラスミド: pQE-70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q74FS9

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 416分子

#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 13-18% PEG 3350, 250-500mM KSCN, 100mM CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 78 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 87305 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 1.1839
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / % possible all: 57.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.601→30.937 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 4371 5.01 %
Rwork0.2026 --
obs0.205 87242 94.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.367 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5609 Å20 Å21.4096 Å2
2---5.1297 Å20 Å2
3---2.5688 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→30.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14235 0 104 391 14730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414601
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66619890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5895290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032529
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6009-2.63050.3805810.30041560X-RAY DIFFRACTION54
2.6305-2.66140.3221000.27211888X-RAY DIFFRACTION65
2.6614-2.69380.30461120.27762094X-RAY DIFFRACTION72
2.6938-2.72790.31471320.2692329X-RAY DIFFRACTION81
2.7279-2.76380.3461230.27162568X-RAY DIFFRACTION88
2.7638-2.80160.31241360.25992737X-RAY DIFFRACTION93
2.8016-2.84160.3141510.25842715X-RAY DIFFRACTION96
2.8416-2.8840.30281420.24962910X-RAY DIFFRACTION97
2.884-2.92910.28411530.24792827X-RAY DIFFRACTION99
2.9291-2.9770.30881580.2432855X-RAY DIFFRACTION99
2.977-3.02830.33041560.23812930X-RAY DIFFRACTION100
3.0283-3.08330.28541510.2312930X-RAY DIFFRACTION100
3.0833-3.14260.26971530.22192894X-RAY DIFFRACTION100
3.1426-3.20670.30191500.22442901X-RAY DIFFRACTION100
3.2067-3.27630.26531260.21062952X-RAY DIFFRACTION100
3.2763-3.35250.26281640.19992891X-RAY DIFFRACTION100
3.3525-3.43620.23891460.19062895X-RAY DIFFRACTION100
3.4362-3.5290.21661450.1822938X-RAY DIFFRACTION100
3.529-3.63270.23351480.17732924X-RAY DIFFRACTION100
3.6327-3.74970.25381640.17892893X-RAY DIFFRACTION100
3.7497-3.88350.22341570.17612920X-RAY DIFFRACTION100
3.8835-4.03870.22531640.17022922X-RAY DIFFRACTION100
4.0387-4.2220.20941340.16612919X-RAY DIFFRACTION100
4.222-4.4440.19811500.15612947X-RAY DIFFRACTION100
4.444-4.72150.20111310.15192916X-RAY DIFFRACTION100
4.7215-5.08460.20271720.1582900X-RAY DIFFRACTION100
5.0846-5.59360.21891800.17072921X-RAY DIFFRACTION100
5.5936-6.39680.24011670.19182917X-RAY DIFFRACTION100
6.3968-8.03580.25161560.20052953X-RAY DIFFRACTION100
8.0358-30.93920.2251690.21382925X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4026-0.2634-0.28990.463-0.05880.8386-0.02420.03250.2250.04010.0387-0.2808-0.0580.1478-0.0020.4169-0.0755-0.01960.23150.00370.3756-48.1593-49.659461.1642
20.9989-0.1889-0.36670.49220.15741.91670.01890.05340.21920.0959-0.0017-0.2576-0.21870.0836-0.00430.3345-0.04220.03150.22830.0110.4957-105.6045-21.5465119.0991
30.7620.0977-0.52080.9416-0.83273.0932-0.13690.0515-0.0015-0.0640.0984-0.02530.14660.10770.03820.07320.0418-0.04260.16630.0120.1472-31.497312.05460.43
44.2786-0.56431.12110.9753-0.18810.96150.0393-0.0315-0.2849-0.04490.01010.03140.0686-0.0431-0.05150.1545-0.10910.0490.1142-0.04260.0689-55.127611.645133.7217
51.25680.2042-1.03290.489-0.12853.58070.0250.1144-0.2372-0.1059-0.0685-0.14340.3486-0.10540.04850.18910.0508-0.040.1586-0.12160.2783-89.48739.9732117.8791
63.9134-1.4250.2261.54380.20910.9836-0.01390.0256-0.1583-0.15660.08350.09220.0688-0.0973-0.0080.16830.03260.02970.1435-0.01540.1023-114.404739.973791.2744
70.80370.0499-0.6912.54030.72671.79470.13910.1766-0.0678-0.5276-0.0489-0.5847-0.04260.0382-0.08470.4821-0.07110.04820.5094-0.03740.4431-52.340412.63874.5082
81.7716-1.21190.22922.7198-0.55952.83960.0636-0.06060.54150.2134-0.0608-0.68040.04620.7109-0.14910.22520.0196-0.03530.4516-0.22580.4202-59.955342.5574118.4813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 18:118 ) OR ( CHAIN B AND RESID 18:118 )A18 - 118
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 18:118 ) OR ( CHAIN B AND RESID 18:118 )B18 - 118
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 19:118 ) OR ( CHAIN D AND RESID 18:118 )C19 - 118
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 19:118 ) OR ( CHAIN D AND RESID 18:118 )D18 - 118
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 119:261 OR RESID 350:480 OR RESID 606:606 ) )A119 - 261
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 119:261 OR RESID 350:480 OR RESID 606:606 ) )A350 - 480
7X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 119:261 OR RESID 350:480 OR RESID 606:606 ) )A606
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 119:260 OR RESID 350:480 OR RESID 601:601 ) )B119 - 260
9X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 119:260 OR RESID 350:480 OR RESID 601:601 ) )B350 - 480
10X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 119:260 OR RESID 350:480 OR RESID 601:601 ) )B601
11X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 605:605 ) )C119 - 261
12X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 605:605 ) )C351 - 482
13X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 605:605 ) )C605
14X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 602:602 ) )D119 - 261
15X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 602:602 ) )D351 - 482
16X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 602:602 ) )D602
17X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND ( RESID 261:349 OR RESID 481:564 ) )B261 - 349
18X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND ( RESID 261:349 OR RESID 481:564 ) )B481 - 564
19X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND ( RESID 262:350 OR RESID 483:564 ) )C262 - 350
20X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND ( RESID 262:350 OR RESID 483:564 ) )C483 - 564

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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