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万見
- PDB-4gvm: HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain A128T Mutant Complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gvm
タイトルHIV-1 Integrase Catalytic Core Domain A128T Mutant Complexed with Allosteric Inhibitor
要素Gag-Pol polyprotein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Integrase / CCD / DDE motif / dimer interface / allosteric inhibitor / drug resistance / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENIC / Chem-LF2 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Feng, L. / Kvaratskhelia, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
著者: Feng, L. / Sharma, A. / Slaughter, A. / Jena, N. / Koh, Y. / Shkriabai, N. / Larue, R.C. / Patel, P.A. / Mitsuya, H. / Kessl, J.J. / Engelman, A. / Fuchs, J.R. / Kvaratskhelia, M.
履歴
登録2012年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag-Pol polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5554
ポリマ－17,9431
非ポリマー6133
水75742
1
A: Gag-Pol polyprotein
ヘテロ分子

A: Gag-Pol polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1108
ポリマ－35,8852
非ポリマー1,2256
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area3850 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.395, 72.395, 66.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Gag-Pol polyprotein / Pr160Gag-Pol / Matrix protein p17 / MA / Capsid protein p24 / CA / Spacer peptide p2 / Nucleocapsid ...Pr160Gag-Pol / Matrix protein p17 / MA / Capsid protein p24 / CA / Spacer peptide p2 / Nucleocapsid protein p7 / NC / Transframe peptide / TF / p6-pol / p6* / Protease / PR / Retropepsin / Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT / p51 RT / p15 / Integrase / IN


分子量: 17942.508 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1197-1359 / 変異: A128T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P12497, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: 化合物 ChemComp-ARS / ARSENIC / アルシン


分子量: 74.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: As
#3: 化合物 ChemComp-LF2 / (2S)-[6-bromo-4-(4-chlorophenyl)-2-methylquinolin-3-yl](tert-butoxy)ethanoic acid


分子量: 462.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21BrClNO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 1.4 M Na Acetate, Vapor Diffusion,hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月5日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. all: 11086 / Num. obs: 11054 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.16-2.23.70.437196.1
2.2-2.244.30.3841100
2.24-2.284.60.3411100
2.28-2.335.10.3261100
2.33-2.385.20.2891100
2.38-2.435.20.2461100
2.43-2.495.20.2111100
2.49-2.565.20.1751100
2.56-2.645.20.1461100
2.64-2.725.20.1251100
2.72-2.825.20.0971100
2.82-2.935.20.0751100
2.93-3.065.30.0581100
3.06-3.235.30.047199.8
3.23-3.435.30.04199.6
3.43-3.695.20.033199.3
3.69-4.065.20.03199.3
4.06-4.655.20.028197.7
4.65-5.865.20.025199.1
5.86-504.70.019197.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.51 Å
Translation2.5 Å45.51 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.2.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→45.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.63 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.2206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1079 9.8 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.204 10982 99.1 %-
all-11086 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.124 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20.16 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→45.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1138 0 30 42 1210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221204
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7671.9611635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7885147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73124.89849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.01615201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.825154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0411.5734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88821181
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.673470
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3374.5454
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.22 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 93 -
Rwork0.252 725 -
obs--99.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.727-0.40180.21033.28460.03841.6140.05790.095-0.0286-0.2052-0.1580.0062-0.1160.04170.10010.30340.00980.00730.32410.01340.2489-36.663310.068616.9464
2-0.06892.2218-3.58410.4596-2.18365.0713-0.2723-0.11140.1879-0.79830.0914-0.12370.17350.86240.18091.2095-0.25640.12950.63170.07610.0615-32.188612.67247.3601
35.4861.61031.72754.24560.33713.3305-0.05980.2903-0.0972-0.5508-0.0838-0.41750.18830.40610.14360.37840.07760.06960.37290.02680.2996-30.2451-4.37411.5226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A407 - 430
2X-RAY DIFFRACTION1A55 - 134
3X-RAY DIFFRACTION2A431 - 433
4X-RAY DIFFRACTION2A135 - 159
5X-RAY DIFFRACTION3A434 - 442
6X-RAY DIFFRACTION3A160 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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