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- PDB-4gv5: X-ray structure of crotamine, a cell-penetrating peptide from the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gv5
タイトルX-ray structure of crotamine, a cell-penetrating peptide from the Brazilian snake Crotalus durissus terrificus
要素Crotamine Ile-19
キーワードTOXIN / alpha helix & beta sheet / Ion channel inhibitor / antibacterial peptide / Extracellular region
機能・相同性
機能・相同性情報


envenomation resulting in occlusion of the pore of voltage-gated potassium channel in another organism / potassium channel regulator activity / defense response to fungus / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Myotoxin / Myotoxin, crotamine / Myotoxins signature. / Myotoxins family profile. / Anthopleurin-A / Myotoxin/Anemone neurotoxin domain superfamily / Anthopleurin-A / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Crotamine / Crotamine
類似検索 - 構成要素
生物種Crotalus durissus terrificus (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Coronado, M.A. / Gabdulkhakov, A. / Georgieva, D. / Sankaran, B. / Murakami, M.T. / Arni, R.K. / Betzel, C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the polypeptide crotamine from the Brazilian rattlesnake Crotalus durissus terrificus.
著者: Coronado, M.A. / Gabdulkhakov, A. / Georgieva, D. / Sankaran, B. / Murakami, M.T. / Arni, R.K. / Betzel, C.
履歴
登録2012年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crotamine Ile-19
B: Crotamine Ile-19
C: Crotamine Ile-19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,59814
ポリマ－14,7093
非ポリマー88911
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Crotamine Ile-19
B: Crotamine Ile-19
C: Crotamine Ile-19
ヘテロ分子

A: Crotamine Ile-19
B: Crotamine Ile-19
C: Crotamine Ile-19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,19528
ポリマ－29,4176
非ポリマー1,77822
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_565x,-y+1,-z+1/21
Buried area8800 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area14530 Å2
手法PISA
3
B: Crotamine Ile-19
ヘテロ分子

A: Crotamine Ile-19
C: Crotamine Ile-19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,59814
ポリマ－14,7093
非ポリマー88911
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation6_655-x+1,-y+1/2,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area8100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.922, 74.330, 80.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-212-

HOH

21C-213-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Crotamine Ile-19 / CRO_Ile-19


分子量: 4902.878 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Crotalus durissus terrificus (ヘビ) / 参照: UniProt: P01475, UniProt: Q9PWF3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.2 M sodium thiocyanate, 1.9 M ammonium sulphate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.12
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→10 Å / Num. all: 22612 / Num. obs: 20890 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AutoSol位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.493 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22537 1121 5.1 %RANDOM
Rwork0.16694 ---
obs0.1699 20890 98.24 %-
all-16628 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.727 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å2-0 Å20 Å2
2---0.86 Å2-0 Å2
3---1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1014 0 51 62 1127
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0191116
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8561.9751471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4755127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.80221.53839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.4315221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.576156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1960.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr11.82631116
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.031531
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded36.11251122
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.691 63 -
Rwork0.55 1125 -
obs--78.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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