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- PDB-4guo: structure of p73 DNA binding domain complex with 12 bp DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4guo
タイトルstructure of p73 DNA binding domain complex with 12 bp DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
  • Tumor protein p73
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TUMOR SUPPRESSOR / BETA-IMMUNOGLOBULIN FOLD / DNA BINDING / TRANSCRIPTION FACTOR / DNA / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lung ciliated cell differentiation / cerebrospinal fluid secretion / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / digestive tract morphogenesis / negative regulation of neuron differentiation / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases ...positive regulation of lung ciliated cell differentiation / cerebrospinal fluid secretion / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / digestive tract morphogenesis / negative regulation of neuron differentiation / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of cell size / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / neuron development / mismatch repair / MDM2/MDM4 family protein binding / regulation of mitotic cell cycle / release of cytochrome c from mitochondria / transcription corepressor binding / post-embryonic development / hippocampus development / protein tetramerization / kidney development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / p53 binding / cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / positive regulation of MAPK cascade / ciliary basal body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p73, SAM domain / Immunoglobulin-like - #720 / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily ...Tumour protein p73, SAM domain / Immunoglobulin-like - #720 / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Tumor protein p73
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Ethayathulla, A.S. / Viadiu, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: structure of p73 DNA binding domain complex with 12 bp DNA
著者: S Ethayathulla, A. / Viadiu, H.
履歴
登録2012年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tumor protein p73
B: Tumor protein p73
C: Tumor protein p73
D: Tumor protein p73
I: Tumor protein p73
J: Tumor protein p73
K: Tumor protein p73
L: Tumor protein p73
E: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
M: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
O: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,04624
ポリマ－219,52316
非ポリマー5238
水2,450136
1
A: Tumor protein p73
B: Tumor protein p73
C: Tumor protein p73
D: Tumor protein p73
E: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,02312
ポリマ－109,7618
非ポリマー2624
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: Tumor protein p73
J: Tumor protein p73
K: Tumor protein p73
L: Tumor protein p73
M: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
O: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,02312
ポリマ－109,7618
非ポリマー2624
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.250, 104.329, 123.324
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24I
15A
25J
16A
26K
17A
27L
18B
28C
19B
29D
110B
210I
111B
211J
112B
212K
113B
213L
114C
214D
115C
215I
116C
216J
117C
217K
118C
218L
119D
219I
120D
220J
121D
221K
122D
222L
123I
223J
124I
224K
125I
225L
126J
226K
127J
227L
128K
228L
129E
229M
130E
230O
131E
231F
132E
232H
133E
233N
134E
234P
135M
235O
136M
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139M
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140O
240F
141O
241H
142O
242N
143O
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144F
244H
145F
245N
146F
246P
147H
247N
148H
248P
149N
249P

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEARGARGAA114 - 31012 - 208
21PHEPHEARGARGBB114 - 31012 - 208
12HISHISGLNGLNAA112 - 31210 - 210
22HISHISGLNGLNCC112 - 31210 - 210
13PHEPHEARGARGAA114 - 31012 - 208
23PHEPHEARGARGDD114 - 31012 - 208
14ILEILEGLUGLUAA115 - 31113 - 209
24ILEILEGLUGLUIE115 - 31113 - 209
15PHEPHEGLUGLUAA114 - 31112 - 209
25PHEPHEGLUGLUJF114 - 31112 - 209
16HISHISARGARGAA112 - 31010 - 208
26HISHISARGARGKG112 - 31010 - 208
17HISHISARGARGAA112 - 31010 - 208
27HISHISARGARGLH112 - 31010 - 208
18PHEPHEARGARGBB114 - 31012 - 208
28PHEPHEARGARGCC114 - 31012 - 208
19PHEPHEGLUGLUBB114 - 31112 - 209
29PHEPHEGLUGLUDD114 - 31112 - 209
110ILEILEARGARGBB115 - 31013 - 208
210ILEILEARGARGIE115 - 31013 - 208
111PHEPHEARGARGBB114 - 31012 - 208
211PHEPHEARGARGJF114 - 31012 - 208
112PHEPHEARGARGBB114 - 31012 - 208
212PHEPHEARGARGKG114 - 31012 - 208
113PHEPHEARGARGBB114 - 31012 - 208
213PHEPHEARGARGLH114 - 31012 - 208
114PHEPHEARGARGCC114 - 31012 - 208
214PHEPHEARGARGDD114 - 31012 - 208
115ILEILEGLUGLUCC115 - 31113 - 209
215ILEILEGLUGLUIE115 - 31113 - 209
116PHEPHEGLUGLUCC114 - 31112 - 209
216PHEPHEGLUGLUJF114 - 31112 - 209
117HISHISARGARGCC112 - 31010 - 208
217HISHISARGARGKG112 - 31010 - 208
118HISHISARGARGCC112 - 31010 - 208
218HISHISARGARGLH112 - 31010 - 208
119ILEILEARGARGDD115 - 31013 - 208
219ILEILEARGARGIE115 - 31013 - 208
120PHEPHEARGARGDD114 - 31012 - 208
220PHEPHEARGARGJF114 - 31012 - 208
121PHEPHEARGARGDD114 - 31012 - 208
221PHEPHEARGARGKG114 - 31012 - 208
122PHEPHEARGARGDD114 - 31012 - 208
222PHEPHEARGARGLH114 - 31012 - 208
123ILEILEGLUGLUIE115 - 31113 - 209
223ILEILEGLUGLUJF115 - 31113 - 209
124ILEILEARGARGIE115 - 31013 - 208
224ILEILEARGARGKG115 - 31013 - 208
125ILEILEARGARGIE115 - 31013 - 208
225ILEILEARGARGLH115 - 31013 - 208
126PHEPHEARGARGJF114 - 31012 - 208
226PHEPHEARGARGKG114 - 31012 - 208
127PHEPHEARGARGJF114 - 31012 - 208
227PHEPHEARGARGLH114 - 31012 - 208
128HISHISGLUGLUKG111 - 3119 - 209
228HISHISGLUGLULH111 - 3119 - 209
129DCDCDGDGEI398 - 4091 - 12
229DCDCDGDGMM600 - 6111 - 12
130DCDCDGDGEI398 - 4091 - 12
230DCDCDGDGOO700 - 7111 - 12
131DCDCDGDGEI398 - 4091 - 12
231DCDCDGDGFJ410 - 4211 - 12
132DCDCDGDGEI398 - 4091 - 12
232DCDCDGDGHL512 - 5231 - 12
133DCDCDGDGEI398 - 4091 - 12
233DCDCDGDGNN612 - 6231 - 12
134DCDCDGDGEI398 - 4091 - 12
234DCDCDGDGPP712 - 7231 - 12
135DCDCDGDGMM600 - 6111 - 12
235DCDCDGDGOO700 - 7111 - 12
136DCDCDGDGMM600 - 6111 - 12
236DCDCDGDGFJ410 - 4211 - 12
137DCDCDGDGMM600 - 6111 - 12
237DCDCDGDGHL512 - 5231 - 12
138DCDCDGDGMM600 - 6111 - 12
238DCDCDGDGNN612 - 6231 - 12
139DCDCDGDGMM600 - 6111 - 12
239DCDCDGDGPP712 - 7231 - 12
140DCDCDGDGOO700 - 7111 - 12
240DCDCDGDGFJ410 - 4211 - 12
141DCDCDGDGOO700 - 7111 - 12
241DCDCDGDGHL512 - 5231 - 12
142DCDCDGDGOO700 - 7111 - 12
242DCDCDGDGNN612 - 6231 - 12
143DCDCDGDGOO700 - 7111 - 12
243DCDCDGDGPP712 - 7231 - 12
144DCDCDGDGFJ410 - 4211 - 12
244DCDCDGDGHL512 - 5231 - 12
145DCDCDGDGFJ410 - 4211 - 12
245DCDCDGDGNN612 - 6231 - 12
146DCDCDGDGFJ410 - 4211 - 12
246DCDCDGDGPP712 - 7231 - 12
147DCDCDGDGHL512 - 5231 - 12
247DCDCDGDGNN612 - 6231 - 12
148DCDCDGDGHL512 - 5231 - 12
248DCDCDGDGPP712 - 7231 - 12
149DCDCDGDGNN612 - 6231 - 12
249DCDCDGDGPP712 - 7231 - 12

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
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38
39
40
41
42
43
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45
46
47
48
49

-
要素

#1: タンパク質
Tumor protein p73 / p53-like transcription factor / p53-related protein


分子量: 23775.955 Da / 分子数: 8 / 断片: unp residues 115-312 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: human p73, P73, TP73 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) / 参照: UniProt: O15350
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*G)-3')


分子量: 3673.394 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*G)-3')


分子量: 3655.366 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES, 0.1M NA ACETATE, 15-17% PEG 20K, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月11日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI(111) LIQUID N2 COOLED
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→100 Å / Num. obs: 34489 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3VD0

3vd0


解像度: 3.19→44.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 66.5 / SU ML: 0.498 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.588 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27028 1735 5 %RANDOM
Rwork0.20751 ---
obs0.21079 32688 99.08 %-
all-34423 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 95.335 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å2-0 Å2-3.27 Å2
2--3.34 Å2-0 Å2
3----2.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→44.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12535 1928 8 136 14607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01815043
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.0213135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6581.83720841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0673.00230357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.21651589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74523.231588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.64152106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.23215112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.22186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02115746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.023461
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8747.4796380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8737.4796379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.411.2117961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3697.7558663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A89060.28
12B89060.28
21A91540.27
22C91540.27
31A88510.27
32D88510.27
41A89150.26
42I89150.26
51A85160.28
52J85160.28
61A86220.29
62K86220.29
71A87490.28
72L87490.28
81B92130.27
82C92130.27
91B87010.28
92D87010.28
101B86710.27
102I86710.27
111B85500.27
112J85500.27
121B86220.28
122K86220.28
131B88130.27
132L88130.27
141C89720.27
142D89720.27
151C90370.26
152I90370.26
161C87620.27
162J87620.27
171C88500.27
172K88500.27
181C87580.27
182L87580.27
191D86960.27
192I86960.27
201D84090.28
202J84090.28
211D85610.28
212K85610.28
221D85360.28
222L85360.28
231I85610.28
232J85610.28
241I85280.29
242K85280.29
251I86400.28
252L86400.28
261J84260.29
262K84260.29
271J84300.28
272L84300.28
281K85680.29
282L85680.29
291E8660.18
292M8660.18
301E8670.21
302O8670.21
311E8070.22
312F8070.22
321E8380.18
322H8380.18
331E8470.19
332N8470.19
341E8060.22
342P8060.22
351M8550.19
352O8550.19
361M7810.25
362F7810.25
371M8360.18
372H8360.18
381M8160.22
382N8160.22
391M8230.22
392P8230.22
401O7920.25
402F7920.25
411O8260.2
412H8260.2
421O8120.25
422N8120.25
431O8020.25
432P8020.25
441F8330.25
442H8330.25
451F8420.24
452N8420.24
461F8290.26
462P8290.26
471H8700.21
472N8700.21
481H8620.24
482P8620.24
491N8670.24
492P8670.24
LS精密化 シェル解像度: 3.189→3.272 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 130 -
Rwork0.29 2282 -
obs--94.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.169-0.61760.02980.57010.39061.0182-0.17610.1258-0.0581-0.1767-0.02130.0801-0.35490.19390.19750.3624-0.0278-0.01210.1705-0.01910.08596.3725-17.7981-19.1491
20.22740.14380.4230.5271-0.20861.56760.0630.01740.0425-0.0284-0.0456-0.07090.16380.2563-0.01740.0480.0550.04870.3186-0.11220.187733.753-20.906815.0146
30.1415-0.06120.13020.36920.1091.44540.0941-0.0149-0.06830.08190.05640.04370.14370.1041-0.15040.2231-0.0073-0.01140.1913-0.04620.107712.6912-25.107541.2648
40.89070.26790.95970.9354-0.04721.83390.1373-0.14770.0931-0.0254-0.01410.0137-0.0319-0.2185-0.12310.14290.0860.03160.1924-0.09110.1423-14.5752-18.46977.5985
50.4941-0.03450.640.67620.52731.8792-0.0171-0.0061-0.1479-0.088-0.01030.0621-0.2546-0.00690.02740.1724-0.0490.03260.2042-0.02070.141525.46111.248616.6596
60.8051-0.4327-0.43460.5827-0.02870.74240.2623-0.29330.329-0.37320.017-0.02070.11030.2474-0.27940.2811-0.01560.04640.1839-0.17850.25733.180143.001645.3551
70.2868-0.3714-0.19242.31260.49790.4723-0.088-0.07160.03510.11250.1424-0.08080.1080.0621-0.05440.07770.04740.01360.3198-0.15030.109810.692740.03771.1321
80.4896-0.13960.39430.51180.11041.2769-0.0448-0.08310.0008-0.0910.0607-0.1051-0.062-0.0165-0.01590.0895-0.00130.09140.17770.06180.1932-0.4638.387442.9739
93.56520.48670.34740.16380.14183.78470.4827-0.1099-0.16440.11660.1746-0.08621.1819-0.0342-0.65730.54070.0248-0.11990.2372-0.06180.265920.2882-36.0958-5.5408
102.42330.0571.57950.1624-0.03161.06480.5385-0.2279-0.1945-0.0811-0.22140.16850.5026-0.1051-0.3170.48080.0115-0.15250.0976-0.0750.2313-3.3875-38.772423.5602
111.06590.1083-0.98230.56260.28461.1829-0.0768-0.4051-0.0435-0.18720.0760.0208-0.04930.45670.00080.37950.0081-0.0040.30710.04490.223540.174516.507538.7496
121.48791.7331-0.17713.211-0.17440.02410.2068-0.5646-0.23030.6795-0.227-0.0297-0.01780.08860.02020.19860.05980.06970.41770.12620.140611.441412.218567.8559
130.3565-0.452-0.3950.59150.5895.39390.22110.03760.1681-0.15990.0566-0.26390.722-0.2207-0.27770.3043-0.016-0.01860.1942-0.0980.220421.4091-36.2632-4.4345
140.6651-0.2989-1.07341.7689-0.95335.87780.15230.0727-0.2062-0.5553-0.03790.13321.0637-0.0608-0.11440.44040.0096-0.17980.1117-0.03950.1277-1.6358-39.579823.8236
151.86320.0519-1.05581.2954-0.04942.9611-0.2309-0.11130.1314-0.03670.1903-0.07830.30270.27140.04060.2891-0.0311-0.02760.1888-0.03630.185340.34517.562539.3147
160.22020.2916-0.72951.7784-0.54892.6130.1445-0.03670.00110.497-0.0378-0.0548-0.36190.1942-0.10670.2857-0.00220.03180.2943-0.01870.162611.967613.261568.2311
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A112 - 312
2X-RAY DIFFRACTION1A401
3X-RAY DIFFRACTION1A501 - 516
4X-RAY DIFFRACTION2B114 - 311
5X-RAY DIFFRACTION2B401
6X-RAY DIFFRACTION2B501 - 515
7X-RAY DIFFRACTION3C112 - 312
8X-RAY DIFFRACTION3C401
9X-RAY DIFFRACTION3C501 - 521
10X-RAY DIFFRACTION4D114 - 311
11X-RAY DIFFRACTION4D401
12X-RAY DIFFRACTION4D501 - 518
13X-RAY DIFFRACTION5I115 - 312
14X-RAY DIFFRACTION5I401
15X-RAY DIFFRACTION5I501 - 514
16X-RAY DIFFRACTION6J114 - 312
17X-RAY DIFFRACTION6J401
18X-RAY DIFFRACTION6J501 - 510
19X-RAY DIFFRACTION7K111 - 311
20X-RAY DIFFRACTION7K401
21X-RAY DIFFRACTION7K501 - 518
22X-RAY DIFFRACTION8L111 - 311
23X-RAY DIFFRACTION8L401
24X-RAY DIFFRACTION8L501 - 520
25X-RAY DIFFRACTION9E398 - 409
26X-RAY DIFFRACTION9E501
27X-RAY DIFFRACTION10G501 - 511
28X-RAY DIFFRACTION11M600 - 611
29X-RAY DIFFRACTION12O700 - 711
30X-RAY DIFFRACTION13F410 - 421
31X-RAY DIFFRACTION14H512 - 523
32X-RAY DIFFRACTION14H601
33X-RAY DIFFRACTION15N612 - 623
34X-RAY DIFFRACTION15N701
35X-RAY DIFFRACTION16P712 - 723
36X-RAY DIFFRACTION16P801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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